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2008년 12월 3일 수요일

'소고기·우유' 많이 먹으면 '암' 유발 기전 찾았다?

'소고기·우유' 많이 먹으면 '암' 유발 기전 찾았다.

기사 제목이 좀 선정적입니다만 일단 저 기사에 나오는 내용은 UCSD의 당생물학자 Ajit  Varki 교수팀 (바로 Glycobiology의 저자죠) 의 아래 PNAS논문을 가지고 기사화 한 것 입니다. (그런데 저 위의 기사를 읽으면 이해가 되나요? 저는 무슨 이야긴지 도통 모르겠던데요. 덕분에 이 포스팅을 하는 것이지만)

Evidence for a human-specific mechanism for diet and antibody-mediated inflammation in carcinoma progression.Hedlund M, Padler-Karavani V, Varki NM, Varki A. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Nov 18. 

이 이야기를 Science daily의 기사를 가지고 좀 쉽게 풀어보자면 사람 몸은 스스로 N-glycolylneuraminic acid (Neu5Gc)를 만들지 못합니다. 그런데 흔히 red meat을 먹으면 Neu5Gc가 사람의 조직 세포에 incorporation 된다고 합니다. 그러면 사람 몸은 거기에 대한 항체 (aniti-Neu5Gc)를 만들어내지요. 이 항체가 만성적 염증을 일으킵니다. (여기까지는 2003년의 논문 내용) 이런 만성적 염증은 암세포 증식을 촉진하는 것으로 알려져 있습니다.

그런데 이번 논문은 암세포 표면에 더 많은 N-glycolylneuraminic acid (Neu5Gc)가 존재한다는 것을 발견했다는 것입니다. 그러므로 Neu5Gc가 암세포의 증식에 뭔가 좋은 일(benefit)을 하지 않겠느냐는 것이지요. 그래서 Neu5Gc가 없는 쥐를 만들고 그 쥐에 Neu5Gc가 있는 암이 일어나게 한 다음에 항체 (aniti-Neu5Gc)를 처리했더니 항체를 처리한 쥐에서 암의 발달이 더 잘 일어났다는 것이죠. 그리고 항염증제 (NSAID)를 처리하면 Neu5Gc 항체 (aniti-Neu5Gc)가 제 역할을 못해서 암세포의 발달이 줄어들더라는 이야기입니다.

결론적으로 Varki 교수의 이야기는

"Taken together, our data indicate that chronic inflammation results from interaction of Neu5Gc accumulated in our bodies from eating red meat with the antibodies that circulate as an immune response to this non-human molecule – and this may contribute to cancer risk,"  (red meat을 섭취해서 우리 몸에 축적되는 Neu5Gc와 거기에 대한 항체의 반응으로부터 만성적인 염증이 유래한다는 것, 그리고 이 염증 반응이 암의 위험에 관여할지도 모른다)

라는데 약간 앞서 나간 것 같기도 합니다만 (육식으로 인한 Neu5Gc의 축적이 얼마나 될지 잘 모르겠기에), 당생물학의 입장에서 보면 흥미로운 연구결과임에는 분명해 보입니다.

참고로 이 주제와 관련해서 아래 논문도 나름 재미있을 것 같습니다.
Incorporation of a non-human glycan mediates human susceptibility to a bacterial toxin. Byres E, Paton AW, Paton JC, Löfling JC, Smith DF, Wilce MC, Talbot UM, Chong DC, Yu H, Huang S, Chen X, Varki NM, Varki A, Rossjohn J, Beddoe T. Nature. 2008 Oct 29. 

2007년 6월 7일 목요일

당생물학에서 사용하는 심볼들 from Biomedical Glycomics

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요.


3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다.

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보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적기가 상당히 곤란하기 때문에 아래와 같은 심볼을 이용하게 됩니다.

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윗 그림의 네모, 세모, 동그라미들은 다 각각의 당을 나타내는데요. 이런 심볼을 사용하면 쉽게 그 구성을 알 수 있습니다. 이러한 심볼을 이용한 표현은 다음의 룰을 따라 만들어졌습니다.

- 하나의 당 타입 (분자량이 같은 당들)은 하나의 심볼로 표시한다.
- 하나의 당 타입의 이성질체는 색/흑백/명암 으로 구분한다.
- 가능한 한 유도체 (hexosamine과 N-acetylhexosamine)들은 같은 색깔로 표시한다.
- 하나의 당을 나타내는 같은 모양을 세로와 가로로 사용해도 혼동하지 않게끔 표시한다.

그래서 각각의 당을 나타내는 컬러와 흑백의 심볼은 대략 다음과 같습니다.

1) 컬러
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2) 흑백
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하지만 이런 표기법의 문제는 이 결합이 alpha 결합인지 beta 결합인지, 1-6 결합인지 1-3 결합인지 등등 결합방식을 알기가 어렵다는데 있습니다. 그래도 일단 맨위의 경우처럼 줄줄이 써 놓는 것보다는 훨씬 눈에 잘 들어오죠.

아마 가장 많이 나오는 당쇄인 GlcNAc (파란색 또는 검정색 네모), mannose (노란색, 또는 회색 네모), NeuAc (보라색 또는 회색 다이아몬드) 정도는 외워두는 편이 좋습니다.  

2007년 5월 16일 수요일

2007 KRIBB-KSG Joint Symposium (한국당과학회 심포지움)

오늘 메일을 받았는데 생명연과 당과학회의 조인트 심포지엄이 열린다는군요. 재미있을 것 같습니다. 한국당과학회의 출범과 더불어 드디어 한국에서도 Glycomics에 대한 관심이 늘어나는 것인가요?



2007 KRIBB-KSG Joint Symposium  ■
 

인간 지놈 해독을 토대로 일어난 지노믹스 붐에 이어 이제는 바야흐로 다양한 “오믹스 (-omics)" 기술의 시대를 맞이하고 있습니다. 여러 새로운 오믹스 학문 분야 중에서도 제 3의 생체정보 고분자인 "당사슬 (glycan)"을 기반으로 하고 있는 ”Glycomics“ 관련 기초 및 활용 연구는 생물, 화학, 생물정보 및 바이오 나노 등 다양한 분야의 기술들이 통합 활용되는 융합연구 모델로서 또한 21세기를 변화시킬 10대 태동기 기술 중의 하나로 최근 그 중요성이 더욱 부각되고 있습니다.

이에 싱그러운 봄을 맞아 한국당과학회와 한국생명공학연구원의 오믹스융합연구센터는 Glycomics Symposium을 공동으로 개최하게 되었습니다. "Glycomics: From Glycobiology to Advanced Therapeutics"라는 주제로 국내외 연사를 모시고, Glycomics 기반의 기초연구, 바이오칩, 차세대 의약품 개발까지 포함하는 최신 연구 및 개발 동향을 청취하고자 합니다. 급변하는 오믹스 시대에 들어 더욱 주목받고 있는 당과학의 발전 추이를 엿볼 수 있는 좋은 기회라 생각합니다. 산 한 연 관련 전문가님들과 당과학회 회원님들께서 많이 참석해 주셔서 유익한 학문의 광장을 열어주시고 귀한 만남과 토론의 장으로 적극 활용해 주시기를 바랍니다.

 주        최   한국생명공학연구원 (KRIBB) / 한국당과학회 (KSG)
 일        시   2007년 5월 31일(목요일)
 주        제   Glycomics: From Glycobiology to Advanced Therapeutics
 장        소   한국생명공학연구원, 본관동 대회의실
프 로 그 램
 Program moderator : Dr. 권오석 (KRIBB)
 13:30- 13:40 Dr. 이대실 (KSG 회장)
                   Opening Remark
            
 Section I
 Chair : 조진원 박사 (연세대)
 13:40 - 14:15 Dr. 김철호 (성균관대)
        "Glycan-Protein Interactomes in Glycobiology: A New Ligand for  Growth Factor Receptors"
 14:15 - 14:50 Dr. 신인재 (연세대)
        "Carbohydrate Microarrays for Functional Glycomics "
 14:50 - 15:25 Dr. Y. Jigami (AIST, Tsukuba, Japan)
        "Yeast glycobiology, its application for cell wall biosynthesis and sugar-chain remodeling "
 15:25 - 15:55 Coffee Break
            
 Section II
 Chair: Dr. 고정헌 (KRIBB)
 15:55 - 16:30 Dr. N. Callewaert (Gent University, Belgium)
        "High-throughput analysis of N-glycans with DNA-sequencers;  different applications "
 16:30 - 17:05 Dr. 고기성 (원광대)
        "Plant molecular biofarming for N-glycosylated immunotherapeutics"
 17:05 - 17:40 Dr. 박준영 (이수앱시스)
        "Development of glycoprotein therapeutics"
 17:40 - 17:55 Dr. 강현아 (KRIBB 오믹스융합연구센터장)
                    Closing Remark
 18:00 - 20:00 Reception (나눔관)
 문        의   02 - 501-1562 [한국당과학회]

The 3rd Annual Georgia Glycoscience Symposium by CCRC

제가 현재 근무하는 University og Georgia의 CCRC (Complex Carbohydrate Research Center)는 미국에서 당생물학 및 탄수화물화학으로 특화된 거의 유일한 연구센터입니다. 매년 5월이면 이곳에서 Annual Georgia Glycoscience Symposium이 열리는데 지난 주에 그 세번째 심포지엄이 열렸습니다.  

아래는 그 프로그램입니다.

사용자 삽입 이미지

외부 초청 연사 5명이 왔는데 제 개인적으로는 기드온 데이비스의 Glycosyltransferase의 구조 및 메카니즘에 대한 강연이 제일 재미있었고 (제 연구랑 관련이 되니까요) Heather Desaire 교수의 숨쉼틈없이 하이톤으로 이어진 열정적인 강연이 기억에 남습니다. 한국에서 유명하다는 제리 하트 (Gerald Hart) 교수를 직접 본 것도 좋았구요.

내년엔 CAZy를 만든 앙리사 (Bernard Henrissat)를 볼 수 있었으면 하는 바램입니다.

2007년 4월 27일 금요일

2001년 사이언스 당생물학 특집

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이번 주 네이처의 Nature Insight Review 섹션에 실린 특집을 보다보니 2001년 사이언스 특집을 생각하지 않을 수 없군요.

그동안 6년가까이 흐르면서 리뷰를 쓴 사람들이 좀 바뀌기도 했네요. 스크립스의 웡(Chi-Huey Wong)이나 버톨찌 (Carolyn R. Bertozzi), 로라 키슬링, 마커스 애비 (Markus Aebi) 등은 여전히 이 분야 최고의 인물들이죠.

전부 프린트해서 다시 한 번 읽어봐야 겠습니다.

아, 그리고 당생물학 관련 자세한 정보를 설명한 아래 사이언스사이트도 유용하니까 참고하세요.











http://www.sciencemag.org/feature/data/carbohydrates.dtl#glycdata


Carbohydrates and Glycobiology

Stella Hurtley, Robert Service, and Phil Szuromi
Science 23 March 2001: 2337.
Summary »  

News

Joseph Alper
Science 23 March 2001: 2338-2343.
Summary »   Full Text »  
Joseph Alper
Science 23 March 2001: 2339.
Summary »   Full Text »  
Joseph Alper
Science 23 March 2001: 2340.
Summary »   Full Text »  
Robert F. Service
Science 23 March 2001: 2340-2341.
Summary »   Full Text »  
Robert F. Service
Science 23 March 2001: 2342.
Summary »   Full Text »  
Michael Balter
Science 23 March 2001: 2343.
Summary »   Full Text »  

Viewpoints

Lance Wells, Keith Vosseller, and Gerald W. Hart
Science 23 March 2001: 2376-2378.
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Review

Pamela Sears and Chi-Huey Wong
Science 23 March 2001: 2344-2350.
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Anne Dell and Howard R. Morris
Science 23 March 2001: 2351-2356.
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Carolyn R. Bertozzi and Laura L. Kiessling
Science 23 March 2001: 2357-2364.
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Ari Helenius and Markus Aebi
Science 23 March 2001: 2364-2369.
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Pauline M. Rudd, Tim Elliott, Peter Cresswell, Ian A. Wilson, and Raymond A. Dwek
Science 23 March 2001: 2370-2376.
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2007년 4월 26일 목요일

이번 주 Nature 특집 이슈 - Glycochemistry & Glycobiology

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방금 전에 받은 이번 주 네이처의 특집 (Insights)이 당생물학에 관한 내용이 실렸더군요. 제가 근무하는 CCRC (cpmplex Carbohydrate Research Center)에 왔던 사람들이 여럿있군요. Hung-wen Liu, Jeffrey D. Esko, Peter H. Seeberger, Ajit Varki 등등 나름 이 분야의 개척자들입니다. 일독을 해야겠습니다.








 










Insight: Glycochemistry & Glycobiology

Produced with support from:




Insight: Glycochemistry & Glycobiology

Glycochemistry & Glycobiology p999

Joshua Finkelstein

doi:10.1038/446999a


Chemical glycosylation in the synthesis of glycoconjugate antitumour vaccines p1000

Danica P. Galonic acute & David Y. Gin

doi:10.1038/nature05813


Unusual sugar biosynthesis and natural product glycodiversification p1008

Christopher J. Thibodeaux, Charles E. Melançon & Hung-wen Liu

doi:10.1038/nature05814


Cycling of O-linked beta-N-acetylglucosamine on nucleocytoplasmic proteins p1017

Gerald W. Hart, Michael P. Housley & Chad Slawson

doi:10.1038/nature05815


Glycan-based interactions involving vertebrate sialic-acid-recognizing proteins p1023

Ajit Varki

doi:10.1038/nature05816


Heparan sulphate proteoglycans fine-tune mammalian physiology p1030

Joseph R. Bishop, Manuela Schuksz & Jeffrey D. Esko

doi:10.1038/nature05817


Exploiting the defensive sugars of HIV-1 for drug and vaccine design p1038

Christopher N. Scanlan, John Offer, Nicole Zitzmann & Raymond A. Dwek

doi:10.1038/nature05818


Synthesis and medical applications of oligosaccharides p1046

Peter H. Seeberger & Daniel B. Werz

doi:10.1038/nature05819



참고로 ACS (미국화학회)에서 탄수화물 화학분야에 두가지 큰 상이 있습니다. 하나는 Melville L. Wolfrom Award이고 다른 하나는 Horace S. Isbell Award 인데요. 아래는 그 수상자들입니다. 나름대로 탄수화물 분야의 기라성같은 인물들입니다.  

more..

2007년 4월 3일 화요일

B형 남성의 희소식, O형으로 혈액형을 바꾸는 효소?

지난 번 "고릴라의 혈액형은 전부 B형? (혈액형과 당생물학)"에서 썼던 내용인데 오늘 재미있는 뉴스가 있었습니다. 혈액형을 바꿔주는 효소를 미생물에서 발견했다는 뉴스인데요.

"A·B·AB형 혈액 O형으로 전환가능" (한국일보)
혈액형 상관없이 수혈 가능해진다 (조선일보)

이 기사들의 원문이 되는 뉴 사이언티스트에 나온 기사도 참고하시고 아예 원문을 보시려면 몇일 기다리셔야 겠습니다. 아직은 4월호가 정식으로 나오진 않았네요. 하지만 학교에 계신 분들인 미리 보실 수 있으실텐데, 학교 도서관이 subscription을 했으면 아래 원문을 눌러서 보시길....

Bacterial glycosidases for the production of universal red blood cells
Qiyong P Liu, Gerlind Sulzenbacher, Huaiping Yuan, Eric P Bennett, Greg Pietz, Kristen Saunders, Jean Spence, Edward Nudelman, Steven B Levery, Thayer White, John M Neveu, William S Lane, Yves Bourne, Martin L Olsson, Bernard Henrissat & Henrik Clausen
Published online: 01 April 2007 | doi:10.1038/nbt1298
Abstract | Full text | PDF (537K)  | Supplementary Information

원리는 지난 번에 말씀드린 대로 간단합니다.  ABO형 혈액형의 차이라고 하는 것이 적혈구 표면의 당쇄(당들의 연결 구조)의 아주 미묘한 차이밖에 없거든요.

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(그림은 위 논문의 Fig. 1)

보시다시피 B형은 갈락토스, A형은 N-acetyl-D-갈락토스의 차이입니다. O형은 둘다 없는 것이구요. 그러니까 당을 분해하는 효소인 glycosidase를 이용해서 말단의 당을 하나 잘라내면 O형 혈액을 만들 수 있다는 것이지요. 문제는 이 효소가 얼마나 당을 잘 잘라내는지의 효율성이 되겠군요. 뉴 사이언티스트의 기사에 따르면,

The researchers homed in on two enzymes. One, from a gut bacterium called Bacteroides fragilis, removes the B antigen. The other, from Elizabethkingia meningosepticum – which causes opportunistic infections in people – targets the A antigen. The purified enzymes are highly efficient. For example, the B. fragilis enzyme is used up at only one-thousandth the rate of the coffee bean enzyme.

라고 되어있는데 1980년대에 보고된 커피콩의 효소보다 1000배의 효율이 좋다고하니 정말 실용화가 가능할지도 모르겠군요. B형을 O형으로 만드는 것이 더 가능성이 커 보입니다. 사회의 공적(?) B형 남성들에게 희소식일지 모르겠지만 혈액형 성격이라는 것이 단지 적혈구의 당쇄 하나의 미묘한 차이에 의해 생긴다고는 믿지 않기 때문에, 의학적 효용만 관심이 가는군요.

*PS.
혈액형 성격에 대해서는 제가 트랙백한 프쉬케님의 포스트를 읽어보심이 어떨지, 아니면 SBS 스페셜에서 방송된 "혈액형의 진실"(방송보기)이라는 프로그램을 보시든지요.

2007년 3월 18일 일요일

고릴라의 혈액형은 전부 B형? (혈액형과 당생물학)

어제 재미있는 뉴스를 하나 읽었습니다. 고릴라의 혈액형이 전부 B형이라는 기사인데요. 사실 이 혈액형이야 말로 당생물학의 중요성을 나타내주는 가장 대표적인 예라고 할 수 있습니다. 얼마전 저희 랩에서 세미나 발표한 자료를 가지고 간단히 설명하면,

사람의 혈액형을 보통 A, B, AB, O 이렇게 4가지로 나누는 것은 아래와 같은 이유에서 입니다. 사람의 적혈구 세포는 그 표면에 여러가지 항원인 단백질과 지질을 가지고 있습니다. 바로 어떤 표면 물질을 가지고 있느냐에 따라 A, B, O, AB 이렇게 나눠지는 것이죠. 반면에 혈청 속에는 항원과는 다른 항체가 있어서 자기와 같은 타입이면 응고가 안되고 다른 혈액형이 들어오면 응고가 되는 것입니다. 아마 여기까지는 고등학교 시간에 이미 배우신 내용일 것이라고 생각합니다.

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그런데 사실 이 항원의 차이라는 것은 항원 단백질의 차이가 아니라 단지 당스핑고지질 (glycospingolipid) 끝의 당 1개의 차이일 뿐입니다. 아래의 그림에서 보시다시피 항원은 Gal-GlcNAc-Gal의 기본구조에 Fucose (또는 Gal)와 GalNAc이 붙어있는 약 5개의 당으로 구성되어 있습니다. 그런데 여기서 맨 마지막 GalNAc이 없으면 O형 항원이고, fucose가 있으면 A형, Gal이 있으면 B형, 두 당이 섞여 있으면 AB형이 되는 것입니다.

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이 차이만 놓고 본다면 혈액형으로 사람의 성격을 논하는 것이 좀 우습다고 할 수 밖에요. 그 차이라는 것이 결국 당 1개의 차이에 지나지 않으니까요. 더 궁금하신 분들은
아산병원 혈액은행의 친절한 설명을 참조하시는 것도 좋겠습니다. 제가 연구하는 분야가 당전이 효소이므로 참고할 만한 부분만 인용하면,

ABO 혈액형을 결정하는 유전자는 9번 염색체(9q34)에 위치하고 있습니다. ABO 유전자와 Hh 유전자 그리고 Se 유전자에 의해 적혈구를 비롯한 우리몸의 각 장기와 조직 그리고 타액 등에 ABO 혈액형이 표현됩니다. A 유전자와 B 유전자는 우열이 없이 각각 co-dominant하게 ABO 혈액형을 표현합니다. 즉 A유전자와 B유전자를 동시에 가지고 있는 사람은 A형과 B형의 혈액형이 동시에 표현되어 AB형이 됩니다. A 유전자는 N-acetylgalactosaminyl transferase라는 효소를 만들어 glucose-galactose-N-acetyl glucosamime-galactose-fucose의 구조를 가지는 H chain 끝에 N-acetylgalactosamine을 붙여주어 A형 항원을 만들어 냅니다. 그리고 B 유전자는 H chain 끝에 D-galactose를 붙여주는 galactosyl transferase라는 효소를 만들어 B형 항원을 만듭니다. 그런데 O 유전자는 이런 당전이 효소(glycosyl transferase)를 만들 수 없으므로 H chain만을 표현합니다. Hh 유전자는 H chain을 만드는 fucosyl transferase라는 효소를 만들고 Se 유전자는 타액내 단백에 ABO 혈액형을 표현하는데 필요합니다. (참고: 서울아산병원 혈액은행)

하지만 적혈구의 표면에는 ABO type 항원만 있는 것이 아니고 다른 여러가지 다른 항원들도 가지고 있습니다. 그 중에서 우리가 잘 아는 것이 Rh 항원이지요. 한국인들은 Rh- 혈액형이 0.4%가 채 안되는 것으로 알려져 있습니다만 미국인의 경우는 16%나 된다고 합니다.

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참고로 다시 고릴라의 혈액형으로 돌아가면 이런 내용이 나옵니다.

일본 원숭이센터에서는 고릴라 피와 사람 피를 혼합해 응고 반응을 측정 했다. 그 결과 고릴라의 혈액은 사람의 B형 혈액과 응고 반응이 일어나지 않음을 발견했다. 따라서 일본 원숭이센터에서는 모든 고릴라 혈액형은 B형이라고 결론을 내렸다.

음... 이 내용만 가지고 이야기하기는 좀 어렵겠다는 생각이 듭니다. 고릴라 적혈구의 B 항원 당쇄구조를 보지 않고서는 말이죠. 하지만 왠지 사회 일각에서(?) B형 혈액형을 가진 사람들을 고릴라 보듯이 할 것 같다는 두려움이 엄습하는군요. ^^

(그림은 전부 위키피디어에서 가져왔습니다.)

2007년 3월 13일 화요일

당쇄소재의 의학적 이용 by 김철호

한국미생물생명공학회에서 발간하는 뉴스지 e-생물산업에 실린 당쇄소재의 의학적 이용 (제19권 6호, 2006년 12월)은 당생물학에 관심있는 분들이라면 꼭 한 번 읽어볼만한 내용입니다.  

잘 아시다시피 당은 단백질, 지질과 함께 생물체를 구성하는 3대 요소이지만 간단히 분석이 가능한 DNA, RNA, 펩다이드와는 달리 구조적으로 너무 많은 이성질체를 만들기 때문에 아직까지 미개척의 분야로 남아 있습니다. 하지만 많은 단백질-단백질 interaction이나 바이러스, 세균 감염, 면역 활성등에 당이 중요한 역할을 하는 것으로 밝혀지고 있어서 외국에서는 점점 더 많은 주목을 받고 있기도 하죠.

글을 쓰신 김철호 교수님의 국내 당생물학계의 파이오니어의 한분이라고 할 수 있는데 현재 성균관대학교 생명과학과 분자세포당생물학연구실을 이끌고 계십니다.