당생물학에서 사용하는 심볼들 from Biomedical Glycomics

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요.


3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다.

보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적기가 상당히 곤란하기 때문에 아래와 같은 심볼을 이용하게 됩니다.

윗 그림의 네모, 세모, 동그라미들은 다 각각의 당을 나타내는데요. 이런 심볼을 사용하면 쉽게 그 구성을 알 수 있습니다. 이러한 심볼을 이용한 표현은 다음의 룰을 따라 만들어졌습니다.

- 하나의 당 타입 (분자량이 같은 당들)은 하나의 심볼로 표시한다.
- 하나의 당 타입의 이성질체는 색/흑백/명암 으로 구분한다.
- 가능한 한 유도체 (hexosamine과 N-acetylhexosamine)들은 같은 색깔로 표시한다.
- 하나의 당을 나타내는 같은 모양을 세로와 가로로 사용해도 혼동하지 않게끔 표시한다.

그래서 각각의 당을 나타내는 컬러와 흑백의 심볼은 대략 다음과 같습니다.

1) 컬러

2) 흑백

하지만 이런 표기법의 문제는 이 결합이 alpha 결합인지 beta 결합인지, 1-6 결합인지 1-3 결합인지 등등 결합방식을 알기가 어렵다는데 있습니다. 그래도 일단 맨위의 경우처럼 줄줄이 써 놓는 것보다는 훨씬 눈에 잘 들어오죠.

아마 가장 많이 나오는 당쇄인 GlcNAc (파란색 또는 검정색 네모), mannose (노란색, 또는 회색 네모), NeuAc (보라색 또는 회색 다이아몬드) 정도는 외워두는 편이 좋습니다.  

2007 KRIBB-KSG Joint Symposium (한국당과학회 심포지움)

오늘 메일을 받았는데 생명연과 당과학회의 조인트 심포지엄이 열린다는군요. 재미있을 것 같습니다. 한국당과학회의 출범과 더불어 드디어 한국에서도 Glycomics에 대한 관심이 늘어나는 것인가요?



2007 KRIBB-KSG Joint Symposium  ■

 

인간 지놈 해독을 토대로 일어난 지노믹스 붐에 이어 이제는 바야흐로 다양한 “오믹스 (-omics)" 기술의 시대를 맞이하고 있습니다. 여러 새로운 오믹스 학문 분야 중에서도 제 3의 생체정보 고분자인 "당사슬 (glycan)"을 기반으로 하고 있는 ”Glycomics“ 관련 기초 및 활용 연구는 생물, 화학, 생물정보 및 바이오 나노 등 다양한 분야의 기술들이 통합 활용되는 융합연구 모델로서 또한 21세기를 변화시킬 10대 태동기 기술 중의 하나로 최근 그 중요성이 더욱 부각되고 있습니다.

이에 싱그러운 봄을 맞아 한국당과학회와 한국생명공학연구원의 오믹스융합연구센터는 Glycomics Symposium을 공동으로 개최하게 되었습니다. "Glycomics: From Glycobiology to Advanced Therapeutics"라는 주제로 국내외 연사를 모시고, Glycomics 기반의 기초연구, 바이오칩, 차세대 의약품 개발까지 포함하는 최신 연구 및 개발 동향을 청취하고자 합니다. 급변하는 오믹스 시대에 들어 더욱 주목받고 있는 당과학의 발전 추이를 엿볼 수 있는 좋은 기회라 생각합니다. 산 한 연 관련 전문가님들과 당과학회 회원님들께서 많이 참석해 주셔서 유익한 학문의 광장을 열어주시고 귀한 만남과 토론의 장으로 적극 활용해 주시기를 바랍니다.

주        최	한국생명공학연구원 (KRIBB) / 한국당과학회 (KSG)
일        시	2007년 5월 31일(목요일)
주        제	Glycomics: From Glycobiology to Advanced Therapeutics
장        소	한국생명공학연구원, 본관동 대회의실
프 로 그 램	Program moderator : Dr. 권오석 (KRIBB)  13:30- 13:40 Dr. 이대실 (KSG 회장)                    Opening Remark               Section I  Chair : 조진원 박사 (연세대)  13:40 - 14:15 Dr. 김철호 (성균관대)         "Glycan-Protein Interactomes in Glycobiology: A New Ligand for  Growth Factor Receptors"  14:15 - 14:50 Dr. 신인재 (연세대)         "Carbohydrate Microarrays for Functional Glycomics "  14:50 - 15:25 Dr. Y. Jigami (AIST, Tsukuba, Japan)         "Yeast glycobiology, its application for cell wall biosynthesis and sugar-chain remodeling "  15:25 - 15:55 Coffee Break               Section II  Chair: Dr. 고정헌 (KRIBB)  15:55 - 16:30 Dr. N. Callewaert (Gent University, Belgium)         "High-throughput analysis of N-glycans with DNA-sequencers;  different applications "  16:30 - 17:05 Dr. 고기성 (원광대)         "Plant molecular biofarming for N-glycosylated immunotherapeutics"  17:05 - 17:40 Dr. 박준영 (이수앱시스)         "Development of glycoprotein therapeutics"  17:40 - 17:55 Dr. 강현아 (KRIBB 오믹스융합연구센터장)                     Closing Remark  18:00 - 20:00 Reception (나눔관)
문        의	02 - 501-1562 [한국당과학회]

The 3rd Annual Georgia Glycoscience Symposium by CCRC

제가 현재 근무하는 University og Georgia의 CCRC (Complex Carbohydrate Research Center)는 미국에서 당생물학 및 탄수화물화학으로 특화된 거의 유일한 연구센터입니다. 매년 5월이면 이곳에서 Annual Georgia Glycoscience Symposium이 열리는데 지난 주에 그 세번째 심포지엄이 열렸습니다.  

아래는 그 프로그램입니다.

외부 초청 연사 5명이 왔는데 제 개인적으로는 기드온 데이비스의 Glycosyltransferase의 구조 및 메카니즘에 대한 강연이 제일 재미있었고 (제 연구랑 관련이 되니까요) Heather Desaire 교수의 숨쉼틈없이 하이톤으로 이어진 열정적인 강연이 기억에 남습니다. 한국에서 유명하다는 제리 하트 (Gerald Hart) 교수를 직접 본 것도 좋았구요.

내년엔 CAZy를 만든 앙리사 (Bernard Henrissat)를 볼 수 있었으면 하는 바램입니다.