당생물학에서 사용하는 심볼들 from Biomedical Glycomics

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요.


3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다.

보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적기가 상당히 곤란하기 때문에 아래와 같은 심볼을 이용하게 됩니다.

윗 그림의 네모, 세모, 동그라미들은 다 각각의 당을 나타내는데요. 이런 심볼을 사용하면 쉽게 그 구성을 알 수 있습니다. 이러한 심볼을 이용한 표현은 다음의 룰을 따라 만들어졌습니다.

- 하나의 당 타입 (분자량이 같은 당들)은 하나의 심볼로 표시한다.
- 하나의 당 타입의 이성질체는 색/흑백/명암 으로 구분한다.
- 가능한 한 유도체 (hexosamine과 N-acetylhexosamine)들은 같은 색깔로 표시한다.
- 하나의 당을 나타내는 같은 모양을 세로와 가로로 사용해도 혼동하지 않게끔 표시한다.

그래서 각각의 당을 나타내는 컬러와 흑백의 심볼은 대략 다음과 같습니다.

1) 컬러

2) 흑백

하지만 이런 표기법의 문제는 이 결합이 alpha 결합인지 beta 결합인지, 1-6 결합인지 1-3 결합인지 등등 결합방식을 알기가 어렵다는데 있습니다. 그래도 일단 맨위의 경우처럼 줄줄이 써 놓는 것보다는 훨씬 눈에 잘 들어오죠.

아마 가장 많이 나오는 당쇄인 GlcNAc (파란색 또는 검정색 네모), mannose (노란색, 또는 회색 네모), NeuAc (보라색 또는 회색 다이아몬드) 정도는 외워두는 편이 좋습니다.