2008년 9월 20일 토요일

Glucose와 Dextrose의 차이는?

오늘 연구발표 시간에 한 학생이 질문한 내용입니다. 보통 글루코스와 덱스트로스라는 말을 같이들 쓰는데 그 정확한 차이를 잘 모르는 경우가 많습니다. 간단하게 말하자면 글루코스는 C6H12O6의 분자식을 가지고 있는 아래와 같은 물질입니다.

http://www.biochem.arizona.edu/



그런데 글루코스 앞에는 D-, 또는 L-라는 표시가 되어 있는데 이는 글루코스가 사실은 거울상 이성질체 (enantiomer)를 가질 수 있기 때문입니다. 그래서 실제로 글루코스를 합성한다면 두가지 형태로 존재가 가능하고 우리가 그냥 "글루코스"라고 표기한다면 이 둘 중의 어느 형태인지 구분이 안가는 것입니다.   

그런데 자연계에서 존재하는 대부분의 탄수화물들은 D-form이고 그래서 자연계에 풍부하게 존재하는 전분이나 셀룰로스를 분해하여 글루코스를 만든다면 그 글루코스는 D-glucose일 수 밖에 없습니다. 그 때 D-glucose를 바로 dextrose라고 합니다. 특히 식품공업에서 많이 쓰는 용어로 당량이라는 표기를 "Dextrose eqivalent (DE)"라고도 합니다.

L-glucose는 실제로 생물체 내에서 대사가 되지 않고 자연계에 존재하지 않기 때문에 만드는 방법이 매우 복잡합니다. Dextrose에서 원래 "Dexter"라는 어근의 뜻이 라틴어로 오른쪽 (right)이라는 뜻이라고 하는데 그래서 우선형의 글루코스 (D-glucose)를 일컫는다고 합니다. D-form sugar는 우선형에 시계방향의 순위를 갖는다고 하죠.

2008년 9월 19일 금요일

싱가폴 반나절 여행 (2008-09-04)


지난 주에 남아공의 극한미생물학회에 다녀왔습니다. 그 이야기는 좀 더 자세히 쓰도록 하겠고 오늘은 그 길에 들렸던 싱가포르 방문기를 간단하게 적어보려고 합니다.

우리나라에서 남아공 케이프타운을 저렴하게 가는 방법이 두가지가 있는데 하나는 싱가폴에어라인을 타고 싱가폴에서 갈아타는 방법이고 다른 하나는 남아공항공을 타고 홍콩-->요하네스버그-->케이프타운을 가는 방법입니다. 남아공의 수도인 요하네스버그 (그곳 분들은 죠하네스버스, 줄여서 "죠버그"라고 하시더군요)로 가려면 남아공항공이 더 나을 것입니다.

아무튼 저는 한 번 갈아타는 싱가폴항공을 예약했는데 여름 성수기가 끝난 관계로 하루 두번 다니던 노선을 한 번으로 줄여버리는 바람에 싱가폴 공항에서 11시간을 보내야하는 기구한 처지에 놓이게 되었습니다. 하지만 그게 전화위복이 될 줄이야. 싱가폴 공항에는 5-6시간 이상 기다려야하는 환승객을 위한 무료 프로그램이 있었던 것입니다.

공항에서 기다리는 사람들을 위한 tip

공항에서 5시간 이상 기다리는 사람들을 위한 두가지 무료프로그램이 있는데 하나는 두시간짜리 버스 투어이고 다른 하나는 무료 시내왕복 버스인데 시내까지 데려다 주고 데리러 와준다는 것입니다. 그런데 두시간짜리 무료 버스투어는 중간에 내리거나 할 수 없고 그냥 버스를 타고 시내를 한바퀴 돌고 돌아오는 것이라서 너댓 시간 정도 시간이 되면 그것도 괜찮겠지만 반나절 이상 기다려야하는 사람에겐 별로 바람직하진 않아 보입니다. 그래서 저는 무료 시내 왕복버스를 타고 시내로 나갔습니다. 

이 무료 시내 왕복버스는 싱가폴의 새 명소인 싱가폴 플라이어와 선텍 빌딩이라는 곳에 정차합니다. 선텍 빌딩은 쇼핑가와 컨벤션센터가 붙어있는 곳이고 싱가폴 플라이어는 거기서 약 15분 정도 걸어가면 되는 거리입니다. 시간 사용을 좀 더 잘 했다면 거기서 지하철을 타고 싱가폴의 명소에 가보았으면 좋았겠지만 아무런 정보가 없었기 때문에 그냥 그 동네에서 놀기로 했습니다. (이건 잘못된 선택!)

선텍 빌딜에는 각종 쇼핑몰이 있고 큰 식당가가 있었습니다. 한식, 중식, 일식, 싱가폴식 등등 다양하게 있었고 음식값은 싼편이었습니다.  

선텍빌딩 내의 식당가 모습


그래서 간단하게 요기를 하고 뭐 구경할 것이 없을까 했는데 마침 6층에서 World Food Fair 2008 이라는 행사를 하더군요. 입장료는 무료여서 좋았는데 World fair라는 말이 무색하게 중국 식품들만 가득했고 간혹 일식코너가 있고 한식코너도 하나 있었습니다. 아무튼 그래도 샘플로 주는 것들 맛보면서 시간을 보냈습니다.

World Food Fair 2008


유일한 한식 (떡) 코너.


그 다음엔 싱가폴의 새 명물이라는 싱가폴 플라이어를 타러 갔습니다. 싱가폴 플라이어는 세계에서 제일 높은, 지어진지 6개월이 안되는 관람차라고 합니다. 영국의 런던 eye를 모방(?)해서 30미터 더 높게 지었다고 하더군요. 관람료는 싱가폴 달러로 29.5불이고 음료제공이나 파티형식으로 캡슐을 사용하면 값이 더 비쌉니다. 공항의 무료시내왕복버스를 타고 오면 15% 할인을 해주는데 버스 가이드와 같이 가서 사야만 한답니다. (그러므로 첫번째 정류장인 싱가폴 플라이어에서 내려서 일단 표를 사야했죠.) 

사진출처 : http://www.singaporeflyer.com/



싱가폴 플라이어의 캡슐모습


지상에서 165미터에 이른다는 관람차를 타고 싱가폴을 한 눈에 구경하면서 찍은 사진들입니다. 싱가폴이 워낙 작은 도시라서 꼭대기에 올라가면 인도네시아, 등등 주변 국가들도 보인다고 하더군요. 제가 갔을 때는 막 F1 자동차 경주가 열리기 직전이라서 자동차 트랙을 만드는 공사를 하고 있었습니다.

F1 자동차 트랙과 관중석


희한하게 생긴 건물


꼭대기에서 바라본 바다. 저 건너편이 인도네시아랍니다.


물위에 떠있는 축구장? 대체 저기서 어떻게 축구를 하죠???


내려올 때는 석양과 야간 불빛도 조금 봤습니다.


이렇게 대충 시내 구경을 짧게하고 공항으로 돌아오는데 걸린 시간은 약 4시간 정도였습니다. 미리 계획을 세웠다면 훨씬 더 알차게 보낼 수 있었는데 아쉽더군요. 공항으로 돌아오는 막차가 10시 넘어서 까지 있으니까 시간표만 잘 맞으면 더 좋은 구경을 할 수 있었을텐데요.

하지만 사실 싱가폴에서 제일 좋았던 것은 바로 창이공항 (싱가폴국제공항)입니다. 곳곳에 설치된 무료 인터넷 시설과 다양한 휴식공간은 정말 최고더군요. 특히 2청사의 Transfer 구역이 두 군데 있는데 그 중 하나에는 무료 발 맛사지 기계도 있습니다. 윗층 (3층)으로 올라가면 호텔이 있고 샤워만 하는데는 싱가폴 달러로 8불 50을 받습니다. 3층에는 랩탑을 사용할 수 있는 곳도 있으나 전기 코드가 우리랑 달라서 사용은 못했습니다. 하지만 2층 곳곳에 널린게 컴퓨터입니다. (하지만 서서해야됨) 3층에는 닌텐도인지 뭔지 무료 게임장도 있고 24시간하는 식당도 모여있습니다. 버거킹과 서브웨이도 있고 중식, 동남아시아 음식도 되는데 치킨 라이스를 시키면 싱가폴 달러로 6불 50밖에 안하더군요.

싱가폴은 작아서 금방 다 본다고 하던데 이렇게 오고 가면서 갈아탈 기회가 몇번만 있으면 싱가폴 구경을 다 할 수 있을 것 같습니다. 물론 여행은 그 나라의 문화와 이런 것들을 즐겨야하지만 말입니다.


2008년 9월 16일 화요일

국내의 극한미생물 관련 연구자들 (updated on 09/16/2008)

사실 국내에 순수한 극한미생물을 연구하시는 분들은 많지 않습니다. 그 중에서 그래도 국내에서 극한미생물 및 그 이용에 대해 가장 많은 연구를 하고 계신 분들은 아래와 같습니다. 제가 잘 모르는 분들도 계실 것으로 생각하는데 아시는 분들은 알려주시기 바랍니다. 계속 업데이트할 예정입니다.

순서는 가나다로 하다가 업데이트 할 때마다 번호를 새로 매기기 귀찮아서 14번까지는 가나다 순이고 15번 부터는 그냥 새로 업데이트하는 순서로 하겠습니다.

1.
권석태 (성균관대 생명공학부 유전공학전공)
다양한 고온성 또는 초고온성 세균 및 고세균 유래의 DNA polymerase 유전자 발현과 특성에 관한 연구를 수행하고 계십니다. 고온성 DNA polymerase 관련해서는 국내에서 최고의 연구경력을 자랑하시는 분입니다.

2.
남수완 (동의대 생명공학과)
단백질 발현과 샤페론, 당관련 효소들에 대한 연구를 많이 하시고 초고온성 아키아의 arylsulfatase에 관한 연구를 수행하고 계십니다.

3.
박관화 (서울대 식품생명공학과)
국내 당관련, 특히 전분가수분해 및 전이 효소연구에 있어서 가장 많은 연구를 하셨고 많은 제자들을 배출하셨습니다. 고온성 바실러스부터 초고온성 아키아의 아밀라제 및 당전이에 대한 연구를 수행하고 계십니다.

4.
박천석 (경희대 식품공학과)
서울대 박관화 교수님의 제자로 초고온성 미생물 유래 효소, 특히 전분관련 효소의 응용연구를 하고 계십니다.

5. 변유량 (연세대 생명공학과)
연세대학교 생물산업소재연구센터 소장님으로 재직하시며 국내 및 국외에서 극한미생물의 동정부터 유용효소의 연구에 이르기까지 초고온성 극한미생물과 관련한 광범위하고 다양한 연구를 하신 분입니다. 아쉽게도 최근에 은퇴하셨습니다.  

6.
성문희 (국민대 생명나노화학과)
퇴비에서 발견한 고온성 공생미생물인 Symbiobacterium toebii의 동정부터 지놈분석연구까지 다양한 연구를 수행하셨으며 바실러스류에 관한 수많은 연구를 해오고 계십니다.


7. 이상현 (신라대 제약공학과)
고온성 세균연구로 유명한 일본 동경대 Takahisa Ohta 방에서 호열성 세균 Thermus aquaticus에 관한 연구를 수행하셨습니다.

8.
이선복 (포항공대 화학공학과)
국내에서는 유일하게 초고온성 아키아 (Sulfolobus solfataricus 등)의 배양 및 그 효소를 이용한 정밀화학에의 응용연구를 수행하고 계십니다.

9.
이수복 (연세대 식영과)
역시 서울대 박관화 교수님의 제자로 초고온성 효소를 이용한 탄수화물 (전분, 펙틴 등 다당류, 소당류, 식품 배당체 등) 당질원료의 효소적 생물전환기술을 활용하여 식품생물산업에 유용한 기능성 탄수화물 신소재의 개발에 관한 연구를 수행하고 계십니다. 개인적으로 저와 가장 비슷한 관심분야를 갖고 계십니다.

10.
이정현 (한국해양연구원)
국내 최초의 아키아 지놈프로젝트인 해양.극한생물 분자유전체 연구단의 Thermococcus sp. NA1 지놈 프로젝트를 진행하고 계시며 그 유전자 및 효소의 응용연구를 다양하게 진행하고 계십니다. 개인적으로 제가 하는 일과 가장 비슷한 일을 하는 연구그룹입니다

11.
이한승 (신라대학교 바이오식품소재학과)
연세대 생명공학과에서 박사학위를 했고 국내에서 고온균 연구로는 가장 많은 연구를 했던 연세대 생물산업소재연구센터 전문연구요원과 포닥으로 있었고 동경대, (주)제노포커스를 거쳐서 Pfu polymerase와 초고온균 Pyrococcus furiosus로 유명한 미국 죠지아대학 마이클 아담스 교수 밑에서 탄수화물관련 단백질 유전자의 구조 및 기능유전체학 연구를 했습니다. (이 블로그 운영자입니다. ^^)

12.
이홍금 (극지연구소)
국내 유일의 극한미생물관련 기관인 극지연구소의 바이오센터장으로 계시며 해양 저온성 및 극저온성 미생물의 분리, 동정, 유용 유전자 및 효소의 탐색에 관한 연구를 수행하고 계십니다.

13.
차재호 (부산대학교 미생물학과)
서울대 박관화 교수님의 제자로 해양·극한 미생물유전체에서 당전이 효소의 탐색 및 이를 이용한 신규 기능성 당 및 당유도체 생산에 대한 연구를 수행하고 계십니다.

14.
천종식 (서울대 미생물학과) 
주로 남극 등에서 분리한 저온성 미생물의 분리 동정에 관한 연구를 하고 계십니다.

15.
신재호 (경북대 응용생명과학부)
Archaea의 DNA 복제 관련 연구로 유명한 Zvi Kelman 방에서 연구를 수행하신 국내 몇 안되는 Archaea 연구자이십니다. 최근에 경북대에 부임하셔서 분자미생물학 연구실을 오픈하셨습니다.

16. 이성재 (경희대 생물학과)
최근에 한국에 들어오신 것을 알았는데 유명한 독일의 Winfried Boos 방에서 Thermococcus litoralis의 말토스 오페론 조절유전자인 TrmB에 관하여 여러 좋은 논문을 쓰신 분입니다.  2007년에 부임하셔서 환경미생물학연구실을 오픈하셨다고 합니다.

17. 강성균 (한국해양연구원)
한국해양연구원 책임연구원으로서 해양.극한생물 분자유전체 연구단의 Thermococcus sp. NA1 지놈 프로젝트에 참여하셨고 그 post-genomics 를 가장 활발하게 연구하고 계신 분이십니다. 이번 Extremophiles 2008 학회에서 뵈니까 영어도 잘하시고 앞으로 좋은 연구를 많이 하실 것 같습니다.



2008년 9월 3일 수요일

갑자기 왜 방문자가 늘었을까... 슬픈 금메달

오늘 갑자기 잠시 동안 블로그 방문자가 늘어나더군요. 그래서 왜일까를 찾아보았더니...

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"수영선수 장희진"을 검색해서 들어오신 분들이 많았습니다. 그 이유는 바로 KBS 시사기획 쌈에서 "슬픈 금메달"이라는 프로그램을 방영했기 때문인 것으로 생각합니다. 시사기획 쌈을 보신 분들이 장희진 선수를 검색하다가 일전에 올린
박태환에 이어 장희진의 선전을 기원합니다. 라는 포스트를 보신 것 같군요. 이런 문제에 관심있으신 분들은 꼭 한 번 보시기 바랍니다. (아래 링크를 누르면 무료로 볼 수 있습니다.)

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2008년 9월 2일 화요일

더 이상 그의 목소리를 들을 수 없다!

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"King of Voiceovers,"
"The Voice of God",
"Thunder Throat",
"King of Trailers"

라고 불렸던 돈 라폰테인 (Don LaFontaine)이 68세의 일기로 세상을 떠났다는 뉴스입니다. 아마 생전에 이 사람의 목소리를 들어보지 않은 분은 극장에 전혀 안가본 사람일 것입니다. 그야말로 수많은 영화의 예고편이 돈 라폰테인의 목소리를 거쳤지요. 지금까지 약 5000편에 다다른다고 하는군요 (IMDB에는 3500편 이상). 물론
영화 예고편 뿐만이 아니라 각종 시상식등의 아나운서로도 활약을 했구요. 뭐 오죽하면 영화를 잘못 만들었으면 더욱 그를 예고편에 써야 했다는 말이 있었겠습니까.

그럼 돈 라폰테인 자신이 가장 좋아했던 영화 예고편은 무엇일까요? IMDB에 따르면 바로 1980년에 나온 영화 "13일의 금요일"이라고 하는군요. One... Two... 세어 나가는 그의 목소리가 그립기도 하고 무섭기도 합니다.

그런데 라폰테인이 직접 영화에 출연한 적은 한 번도 없다고 합니다. (출처는 여기). 하지만 그는 말년에 TV 광고에 출연을 했는데 보험회사인 GEICO의 선전이었습니다. 원래 GEICO가 재미있는 선전을 많이 하는데, 이 선전이 나오면 TV로 눈이 확 돌아가곤 했죠. 무슨 뜻인지 모르는 분들도 아래 선전이 재미있을 겁니다. GEICO 가입자가 자기가 당한 사고 설명을 하면 이 아저씨가 다시 영화 예고편 형식으로 말하는 내용입니다. 좀 더 리얼하게 말이죠.

아무튼 이제 그의 목소리를 못듣는다니 아쉽네요. 고인의 명복을 빕니다.

스포츠와 대통령 (후보들)

일전에도 한 번 포스팅을 했지만 (박태환에 이어 장희진의 선전을 기원합니다.) 우리나라에선 입시가 블랙홀입니다. 교육과 사회에 입시가 미치는 영향이 너무 크죠. 요즘엔 아예 체육시간이 고등학교에서 없어져 간다고 하더군요.

올림픽이 끝나고 이승엽 선수가 재미있는 발언을 했는데, "고교팀 60개인 나라가 우승한 건 기적"이라는 내용이었습니다. 그 내용을 보면

" 일본의 고교야구 팀 수를 4천100여 개교라고 하면 안된다. 한국은 끝에 두자릿수(63)보다도 적지 않느냐 "

는 발언이 있습니다. 일본의 고교야구팀 숫자는 4163개이고 한국은 60개교가 안되기 때문에 한 소리였지요. 물론 대다수 고등학교는 고시엔대회 출장은 꿈도 못꿀 실력의 팀이고 고시엔에 주로 출전하는 야구 명문 학교들이 있지만 그래도 그 많은 학생들이 학창시절에 스포츠와 공부를 함께 병행한다는 것이 신선하지 않습니까?

만화 슬램덩크를 보면 3년동안 연재된 내용이 딱 3개월의 내용이라고 합니다. 스토리를 다 해봐야 자기네 동네 예선치루고 전국대회 나가서 최강팀과 맞붙는 내용이 전부죠. 그리고 3학년 채치수는 은퇴를 선언합니다. 봄철 연맹이 끝났으니 대학가야죠. 공부해서... (물론 그러면 올림픽 메달 숫자는 확실히 줄어들 것입니다.)

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농구 그만두고 공부해야 했던 채치수와 안경선배...


그런데 흥미롭게도 이번 미국 대통령선거에 나선 두 후보는 모두 학창시절에 운동선수 생활을 했다고 합니다. 학창시절 문제아(?)였다는 죤 매케인 공화당 후보는 중학시절부터 레슬링 선수였다고 하는군요. 고등학교 때는 권투도 했다고 하는데 공부는 조금 못했다고 하네요 (899명 중에 894등이었다는군요). 아무튼 매케인은 아직도 권투를 좋아해서 스스로를 "권투광"이라고 합니다.

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고등학교 레슬링부 시절의 죤 매케인 (아랫줄 왼쪽에서 두번째) source: www.nationalpost.com

이에 반해 버락 오바마는 대학시절까지 농구선수로 나름 이름을 날렸다고 합니다. 가정사가 복잡한 오바마는 하와이에서 고등학교를 다닐 때, 농구에 미쳐있었다고 합니다. 당시 그가 다녔던 고등학교는 주 챔피언십을 먹은 적도 있다네요. (참고로 그 학교는 한국계 여자 골프선수 미셸위가 다닌 고등학교입니다.) 그래서인지 유세를 하러 다니면서도 "언제 어디서든 즉석에서 농구 한 게임 할 수 있다"고 했다고도 하는군요. 지금도 기회가 닿으면 오바마는 농구를 가끔 하는데 아래의 동영상은 사우스 캐롤라이나에서 양복을 입고 3점 슛을 작렬시키는 모습입니다.

사실 농구는 흑인들에겐 거의 종교에 가까운 운동입니다. 오바마가 농구하는 비디오는 유튜브에 여러가지가 있습니다. 아마도 아래의 타이라 쇼에서 타이라 뱅크스와 농구를 하는 모습은 그래서 더 흥미롭지 않은가 싶은데, 사실 아래의 비디오에서 제일 눈이 가는 것은 맨 마지막에 타이라 뱅크스가 제발 투표 좀 하라고 (정확하게는 투표를 하기 위해 등록을 하라고) 애청자들을 독려하는 모습입니다. 과연 저 방송을 보고 얼마나 많은 사람들이 투표에 참여하기로 마음을 먹었을까요?

(아래 동영상은 ZZiRACi님의 블로그에서 발견했습니다.)

아무튼 남의 나라 선거지만 "프린스턴대에서 미국 최고의 농구 선수로 활약했지만 졸업 뒤 NBA 진출을 거부하고 영국 옥스퍼드 대학원에 진학해 공부를 마치고 다시 미국으로 돌아와 NBA 뉴욕 닉스에 입단해 챔피언 타이틀을 차지한 후 선수 생활을 마친 빌 브래들리 상원의원" 정도는 아니더라도 운동선수 출신 대통령 후보가, 그리고 학창시절 때 마음껏 뛰면서 공부도 할 수 있는 생활이 조금은 부럽다는 생각이 듭니다. 방학동안 친구들과 놀자고 전화했다가 퇴짜만 맞고 상처받은 제 딸아이를 보면 더욱 그렇습니다. 우리나라는 언제 스포츠선수 출신 대통령을 가져볼 수 있을까요? 점점 요원해지는 것만 같아서 말입니다.

참고) 우리나라에도 운동선수 출신의 대통령이 한 양반 (혹은 그 친구분까지 두 양반) 계십니다.
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왼발이면 왼발

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오른 발이면 오른 발...

사진출처 : 노태운기자의 '발가는대로' 블로그

뭐 최근엔 체육대통령을 자임하신 분도 계시지만 말입니다.


 

2008년 9월 1일 월요일

Tris, Tris base, Trizma base의 차이는?

Buffer의 대명사인 Tris는 주로 약알칼리에서 buffering을 하는 염기(base)성 버퍼입니다. 그래서 tris를 tris base라고 합니다. 그러니까 tris와 tris base는 같은 것입니다. 분자식은 (HOCH2)3CNH2이고 분자량은 121.14이며 물에 약 2.4M 농도까지 녹습니다. (Protein Methods, 2nd ed, p8)

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Tris (wiki capture)



그런데 가끔 trizma base 또는 trizma라는 것이 가끔 보입니다. 구글을 보면 tris를 써야 하는데 trizma를 써서 실험이 잘 안되는 것이 아닌가하는 질문도 올라있던데 사실 Trizma는 유명한 시약회사인 Sigma에서 만드는 Tris의 상표명입니다. 그래서 위 그림에 보면 TrizmaTM 이라고 trade mark (TM) 표시가 되어 있는 것입니다. 하지만 sigma 카탈로그를 보면 Trizma base와 Trizma HCl 이렇게 두가지가 있는데 이 두가지 물질은 다른 것입니다. 자세한 내용은 링크한 카탈로그를 참조하세요.

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출처 : Buffer Reference Center (http://www.sigmaaldrich.com)