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2009년 1월 16일 금요일

Primer Design에 필요한 프로그램

일단 PCR에서 제일 중요한 것이 프라이머 디자인이지요. 프라이머 디자인을 하려면 원본 서열이 있어야 하고 그 서열에서 증폭하고자 하는 양 말단의 서열을 서로 반대방향으로 20mer 내외의 길이로 만들어야 합니다. 그런데 잘 만들어도 PCR이 잘 안되는 경우가 있는데, 그럴 때 중요하게 생각하는 것이,

1) Tm (melting temperature)
2) GC content
3) Hairpin 구조 형성유무
4) Self dimer 형성 유무 등입니다. 

이러한 프라이머의 패러미터들을 계산해주는 프로그램은 많이 나와 있는데, 그 중에서 제가 가장 좋아하는 프로그램은 아래의 두가지 입니다. 그냥 쉽게 사용할 수 있지요. 


이 중에 Oligo Calc는 매우 다양한 패러미터들을 구해주고 reverse complement 서열도 구해줍니다. 앞선 포스팅의 DNA manipulation program을 사용할 필요가 없지요. Tm 값은 3가지 방식으로 구해주는데, basic은 보통 가장 간단하게 사용하는 방식이고 나머지 두 방법은 복잡한 설명이 필요하더군요.

우리나라 바이오니아 홈페이지에도 간단하게 Tm 값을 구해주는 프로그램이 있습니다. Tm만 구하기 원하신다면 아주 간편합니다. 


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DNA sequence manipulation 프로그램

요즘 방학이라 학생들에게 기본적인 실험을 가르치기 위해서 예전에 사용했던 온라인 프로그램들을 다시 둘러보고 있습니다. 그 중에서 DNA 염기서열을 바꿔주는 가장 기본적인 프로그램을 하나 소개합니다. 보통 프라이머 디자인 할 때 reverse 프라이머의 경우 기존 서열의 inverse complement를 이용해서 많이 디자인합니다.


사용방법은 아래 그림에서 보시는 바와 같이 아주 간단합니다. 위의 공란에 DNA 서열을 copy and paste 하거나 타이핑한 후에 4가지 버튼 (inverse complement, inverse, complement, double-stranded) 중 하나를 누르면 거기에 맞도록 sequence를 바꾸어 줍니다. inverse complement란 상보적인 가닥의 역순을 말하고 inverse는 그냥 역순, complement는 상보적 가닥, double-stranded는 두가닥 서열을 모두 나타내주는 것을 뜻합니다. 잘 모르시겠다면 Get Demo 버튼을 누르셔서 데모서열을 얻으시고 버튼을 한 번씩 눌러보세요.  

위 그림의 순서만 따르면 간단하게 사용가능합니다.


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2007년 6월 9일 토요일

분자생물학관련 단백질, DNA 농도 변환 프로그램

분자생물학과 관련된 프로그램 중에 아래의 사이트에 소개된 프로그램은 여러가지로 유용합니다.
   
1. Conversion: weight - moles (for proteins).
   분자량을 알고 있는 단백질의 농도를 측정한 다음 그 무게와 농도를 변환해 주는 프로그램입니다.

2. Conversion: weight - moles (for nucleic acids).
   DNA, RNA 등 핵산의 길이와 농도를 변환해주는 프로그램입니다.

3. Conversion: DNA - protein.
  유전자의 길이와 단백질의 분자량을 추정해주는 프로그램입니다. 사실 이건 간단한 계산이죠.^^

4. Conversion: molar quantity - molar concentration.
  몰 농도와 몰랄농도의 변환 프로그램입니다.
    
그런데 더 좋은 것은 위의 프로그램을 다운받아서 자기 컴에서 사용할 수 있다는 것입니다. 무슨 인스톨도 필요없습니다. 그냥 압출화일 받아서 풀어놓고 index.html 실행하면 끝이에요. 한 번 해보시기 바랍니다.

English version only ( Zip file, size - 1Mb).
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2007년 4월 3일 화요일

단백질 등전점이나 분자량 구하는 프로그램

의외로 제 홈페이지를 찾으시는 분들의 상당수가 등전점에 대한 검색을 하시는 분들이더군요. 그 중에 등전점 구하는 방법을 찾는 분들이 꽤 계시던데 간단한 방법을 알려드리죠.

단백질의 여러가지 parameter들을 구하는 프로그램은 수없이 많이 나와있습니다. 그런 프로그램을 자기 컴에다 깔아놓고 쓰시는 분들도 많지만 저는 그냥 온라인 상에서 이용할 수 있는 프로그램을 선호합니다. 그 중에서 제가 가장 애용하는 프로그램은 ExPASy의 ProtParam입니다.

일단 위의 사이트에 접속하시면 다음과 같은 화면이 뜹니다.

사용자 삽입 이미지
저 첫번째 입력창은 무시하셔도 상관없고 두번째 창에 아미노산 시퀀스를 갖다 붙이세요. 물론 one character로 된 시퀀스여야 합니다. 그리고 compute parameters를 누르시면 끝입니다. 그러면 나오는 결과들은,

1) Number of amino acids:
2) Molecular weight:
3) Theoretical pI:
4) Amino acid composition:
5) Total number of negatively charged residues (Asp + Glu):
6) Total number of positively charged residues (Arg + Lys):
7) Atomic composition:
8) Formula (분자식)
9) Total number of atoms:
10) Extinction coefficients (Extinction coefficients are in units of  M-1 cm-1, at 280 nm measured in water)
11) Estimated half-life:
12) The N-terminal of the sequence considered is M (Met).
13) Instability index
14) Aliphatic index
15) Grand average of hydropathicity (GRAVY)

등이 계산되어 나옵니다. 각각의 파라미터는 나름대로의 의미가 있지만 특히 분자량, 등전점(pI), extinction coefficient (대략적인 단백질 농도 측정시 사용) 등이 가장 많이 사용하는 파라미터들입니다.



 

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2007년 3월 19일 월요일

MASS로부터 단백질의 post-tanslational modification 예측하기

분자생물학의 발전이 DNA 염기 서열 분석법과 함께 급속도로 발전을 했다면 최근에 질량분석법(MASS spec)의 발전은 단백질체학 및 관련 분야의 발전에 큰 공헌을 하고 있습니다. 보통 단백질을 정제해서 MASS를 찍으면 우리가 계산한 단백질의 분자량과 약간 다르게 나오는 경우가 많은데 그런 경우는 유전자의 변이가 생겼거나 아니면 post-tanslational modification이 일어난 경우일 것입니다.

아래의 사이트는 실제로 얻은 분자량이 이론적인 분자량과 다를 경우 어떤 post-tanslational modification이  일어났는지를 예측할 수 있도록 만들어 놓은 reference들 입니다. 분자량의 차이를 입력하고 확인하실 수도 있고 아니면 밑의 more를 누르시면 전체 reference를 보실 수도 있습니다.

http://www.abrf.org/index.cfm/dm.home
 

more..


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