2007년 3월 31일 토요일

미국의 바이오매스 이용과 바이오에너지

여러 학회의 동향지들은 의외로 많은 정보들을 잘 다이제스트 해 놓은 경우가 많습니다. 조금 오래된 정보이긴 하지만 화학공학정보연구센터에서 제공하는 전문연구정보 통합검색을 이용하면 알짜배기 정보들을 접할 수 있습니다. 그 중에서 2002년 일본공업신문사 지구환경 8, 9월호에 실린 글을 소개한 ,

바이오매스-미국(1) 선진국 중에서 최대의 바이오매스 이용국
바이오매스-미국(2) 바이오매스 이용화학제품의 활동과 영향 

이라는 글은 조금 오래된 글이긴 하지만 미국의 바이오매스 이용에 대한 변천사를 보여줍니다. 원문을 보실 분은 위를 클릭하시거나 아래를 참고하시길...  

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또 하나의 대체에너지 Cellulosic Ethanol (바이오에탄올)

 
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개인적으로 석사과정에 입학했던 15년 전에 제가 처음으로 수행했던 연구 프로젝트가 있었는데 당시 동력자원부(동자부)의 과제였습니다. 셀룰로스를 이용하기 위한 셀룰로스 분해효소에 관한 연구였죠. 그 때 유전자 클로닝을 두 달 만에 운좋게(?) 성공하는 바람에 결국은 이 길로 들어섰다고 해도 과언이 아닐겁니다.

셀룰로스는 전세계에서 가장 많이 생산되는 바이오매스이자 매년 그냥 썪어 없어지는 물질입니다. 당시부터 이렇게 버려지는 바이오매스를 이용해서 유용물질을 생산하는 연구에 대한 이야기가 있었지만 솔직히 "그거 해서 진짜로 되겠냐?" 이런 소리도 많이 들었습니다. 그런데 지난 주 사이언스의 뉴스 포커스를 봤더니 결국엔 이십년 이상의 연구들이 결실을 봐서 결국 상용화 단계에 이르렀다는군요.

CELLULOSIC ETHANOL: Biofuel Researchers Prepare to Reap a New Harvest Robert F. Service
Science 16 March 2007: 1488-1491
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보통 "바이오에탄올" 하면 브라질을 떠올리고 사탕수수를 떠올립니다. 잘 알려진대로 브라질은 자신들의 풍부한 자원인 사탕수수를 가지고 바이오에탄올을 성공적으로 산업화시킨 나라입니다. 또 다른 바이오에탄올 소스는 옥수수 전분입니다. 전분은 알콜 발효에 좀 더 쉬운 원료죠.

하지만 사탕수수나 옥수수 전분은 그 자체로 식량으로 사용이 가능하고 가격이 상대적으로 높은데 비해 셀룰로스(정확하게는 셀룰로스와 헤미셀룰로스 리그닌 등을 전부 포함하는 cellulosic materials)는 버려지는 낙엽, 나무, 작물 부산물 이런 물질이기 때문에 자원재활용의 차원에서도 훨씬 강점이 있습니다. 다만 알콜발효에 이용하기에는 분해가 어려운 것이 문제였죠. 여기에 관한 수치들을 모아봤는데,

- U.S. could convert 1.3 billion dry tons a year of biomass to 227 billion liters (60 billion gallons) a year of ethanol. (1년에 13억톤의 바이오매스로부터 2270억 리터(6백억갤런)의 바이오에탄올 생산이 가능)
- in the process displace 30% of the nation's transportation fuel. (이는 미국내 전체 운송연료의 30%정도 대체가 가능한 정도의 양임)
-  A host of small and large chemical companies have jumped into the area, propelled by recent high gas prices and nearly $2 billion in private and venture-capital funding for biofuels last year alone. (작년에만 이와 관련한 회사에 20억불의 투자가 이루어졌슴)
-  And last month, the U.S. Department of Energy (DOE) announced awards of $385 million for six commercial-scale cellulosic-ethanol refineries (see table) that are expected to produce more than 130 million gallons of ethanol per year (DOE에서 6개의 회사에 3억8천5백만불을 지원하기로 했슴. 그 회사들의 생산능력은 연간 1억3천만 갤런임)

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- That's still just a small fraction of the some 5 billion gallons of corn-based ethanol produced in the U.S. annually. (아직은 연간 50억갤런에 이르는 옥수수전분을 이용한 바이오에탄올 생산에는 상당히 못미치는 양임)
- 브라질은 작년 기준 연간 42억 갤런의 바이오에탄올을 생산함.
- 2005년엔 미국은 약 40억 갤런의 바이오에탄올을 생산했고 이는 미국 전체 휘발류 사용량 1400억 갤런의 약 3%에 해당함.
- 미국은 2012년까지 75억 갤런 생산이 목표로하고 있슴 (2년전 국회요구사항).
- 2017년까지 350억 갤런의 대체연료 생산을 대통령이 목표로하고 있슴.
 
그런데 바이오에탄올의 생산에는 원료의 문제뿐만 아니라 발효균주의 선택 및 셀룰로직 머트리얼의 분해가 더  중요한 부분입니다. 그래서 대사공학적으로 에탄올 발효의 효율을 높여준 균주를 만들게 되었죠. 하지만 발효효율 뿐만아니라 에탄올에 대한 내성도 높아야 하는 등의 여러가지 문제가 있습니다. 이와 관련된 부분만 인용하면,

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아무튼 최근 미국에선 대체에너지에 대한 관심이 그 어느 때보다 높습니다. 유가는 고공행진을 하고 있고, 예상외로 바이오텍이 식품산업에서는 안전성의 문제로 크게 각광받지 못하면서 많은 연구자들도 다른 분야로 눈길을 돌리고 있다고 보여집니다. 이미 이와 관련한 연구를 하시는 분들이 국내에도 많이 계신데 좋은 성과들이 있었으면 좋겠습니다.
   

2007년 3월 28일 수요일

Nature에 나온 엔비가 (Enviga)

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오해하지 마세요! 절대 좋은 의미로 나온 것이 아닙니다.!!!!

광우병의 원인에 대한 프리온과 바이러스의 논쟁적인 PNAS 논문을 찾다가 네이처에 이에 관한 기사가 난 것을 보았는데 우연히도! 그 옆에 엔비가에 대한 짧은 단신이 실렸네요. ^^

저 옆의 잘 안보이는 글씨를 확대하면 이렇습니다.

"Negative calories Coca-Cola and Nestlé are being sued by advocacy group the Center for Science in the Public Interest over claims that Enviga, the ‘negative-calorie’ drink, can help people lose weight by speeding up their metabolism".
 
이와 관련된 기사는 newstarget.com의 사이트에서 확인하실 수 있습니다. 참고로 저 사이트는 엔비가를 고소한 소비자 권익단체 "the Center for Science in the Public Interest (CSPI)"쪽 성향의 사이트라고 합니다.  

아무튼 요인 즉슨,

2006년 10월 11일 엔비가에 대한 처음 보도자료 (press release)가 나올 당시 코카콜라와 네슬레 쪽에서 하루 3캔을 마시면 60-100 칼로리를 소모한다고 광고를 했는데, 실제로 임상시험 결과가 발표된 것은 2007년 2월이라는 겁니다. 그래서 부정확한 사실을 가지고 일종의 허위 광고를 했다는 혐의(?)를 받았군요. CSPI쪽의 주장을 보시려면 여기를 클릭하세요. 이 말 하나는 확실히 재미있네요.^^

“Enviga burns more money than calories.”

코카콜라쪽의 대응이 궁금해지는군요.

2007년 3월 27일 화요일

주요 국가 광우병 양성 소 발생 건수

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요즘 FTA와 관련해서 광우병에 대한 이야기가 많이 나오고 있습니다. 광우병은 현재까지 프리온이라는 단백질이 원인이라고 여겨지고 있습니다. 바이러스가 원인이라는 주장도 최근에 있었죠. 그 프리온 단백질은 건열로는 340도에서 1시간, 130도에서는 12시간동안 열에 견디고, 140도에서 가압살균(autoclave)할 경우에도 1시간 동안 안정한 구조를 유지한다고 합니다.
그야말로 극한단백질의 결정체
이지요.^^

옆의 단백질 차구조에서 보듯이 두개가 dimer를 이루며 올리고머를 만들 수도 있다고 하는군요. 이 단백질이 정말 자가 복제를 하는지, 아니면 다른 매개체나 유전적 변이인지에 대해서는 아직도 논란이 진행중인 것으로 압니다.

(그림은 Nat Struct Biol. 2001 Sep;8(9):770-4.)

아무튼 최근에 광우병 소고기 논란이 일고 있는데, 사실 미국에서 소고기를 먹는 입장에서 보면 과연 그렇게 우려할만한 것인가에 대해서는 좀 부정적인 생각입니다. 오해는 말아주세요. 제가 걱정하지 않는다고 당신도 먹어도 됩니다, 이런 이야기를 하는 것은 아닙니다. 그런데 미국에서 광우병 양성반응이 나온 소는 모두 몇마리였는지 아시는 분 계신가요?

물론 발생건수가 적다고 안전하다고 이야기할 수는 없습니다. 왜냐하면 미국에서는 모든 소가 아니고 전체 소의 0.1%만 검사를 한다고 하니까요. 영국은 30개월이 넘은 소는 모두 검사를 한다고 하네요. 보통 20개월 이하의 어린 소들에게선 광우병 발생이 보고 된 적이 없고, 20에서 30개월 사이에는 광우병 발생비율이 낮지만 있다고 합니다. 대부분의 광우병 소는 30개월 이상된 것들이구요. 아무튼 광우병 검사에서 양성으로 나온 소의 건수는 다음과 같습니다.

(통계를 수정합니다. 4/8/2007)

1등 영국 183803
2등 아일랜드 1353
3등 프랑스 891
4등 포르투갈 875
5등 스위스 453
6등 스페인 412
7등 독일 312
8등 벨기에 125
9등 이탈리아 117
10등 네덜란드 77마리
11등 일본 32 마리 (2007년 2월까지)
12등 폴랜드 21
13등 슬로바키아 15
14등 덴마크 13
15등 체코, 캐나다 9
17등 슬로베이나 7
18등 미국 3마리 (첫발견한 소는 캐나다에서 수입한 소)

그리고 확인된 인간광우병 (변종 크로이츠펠트야콥병) 환자의 수는 얼마나 될까요?

1등 영국 164명
2등 프랑스 21명,
3등 아일랜드 4명,
4등 미국 3명
5등 네덜란드, 태국 2명 (태국은 광우병소는 발견된 적이 없슴)
7등 캐나다, 일본, 포르투칼, 룩셈브루크, 사우디 아라비아, 스페인 각 1명


영국만 놓고 보면 수십만건이 보고되었으나 발병자는 164명으로 발병율 자체가 매우 낮아 보입니다. 하지만 반대로 미국의 경우는 보고된 소의 양성반응 건수와 발병자의 수가 같죠. 그러니까 누구나 자기가 유리한 데이터를 이용할 수 있습니다.

게다가 이 병은 정확한 원인을 모릅니다. 보통 초식동물에게 고기사료를 썼기 때문이라고 이야기하지만 작년 캐나다에서 발병한 경우를 보면 캐나다에서 육류사료를 완전히 금지한 이후에 태어난 소에서도 광우병이 보고되었습니다. 언제나 잘 모르면 실제보다 더 안전하다고도, 아니면 실제보다 더 위험하다고도 주장할 수 있습니다. 이미 그것은 신념과 믿음의 문제가 되어버리기 때문입니다.

저는 광우병이 안전하다는 이야기를 하는 것은 아닙니다. 얼마 전에는 "광우병에서 안전하다는 통계에 속지 말라"는 보도가 국내 언론에 일제히 소개된 적도 있습니다. 다만 우리가 그 수치에 대해서는 알고 이야기할 필요가 있다는 것입니다.

2007년 3월 25일 일요일

살빼는 음료 엔비가 Enviga, 성공할 수 있을까?

얼마전 <비즈니스 2.0>이라는 CNN, 타임지 계열의 경제잡지에서 "15 Surprises in 2007"을 소개한 적이 있습니다. 우리나라 뉴스에도 "혁신 상품 ‘베스트15’ 라는 제목으로 소개가 되었죠. 그 중엔 개인적으로 별로 기대가 안되는 윈도즈 비스타도 끼어있었습니다만, 제 눈길을 가장 끌었던 것은 제 3세계 어린이들을 위한 100불짜리 컴퓨터하고 엔비가 (Enviga)라는 음료수였습니다.

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그런데 오늘 월마트에 가보니 드디어 그 엔비가를 팔기 시작했더군요. 옆에 보이는 6개들이 한 팩에 6불이었습니다. 그러니까 1개에 1불 정도의 가격이지요. 물론 월마트라는 점을 생각하신다면 실제 가격은 더 비쌀 겁니다.

아무튼 저 상자에 써있는 대로 저 음료수는
"The Calrorie Burner" 라고 합니다.

다음은 비즈니스 2.0에 나왔던 설명(?)입니다.

A drink that burns more calories than it contains? Sounds like the holy grail of America's diet-conscious culture - and that's exactly what Coca-Cola and Nestlé are hoping their caffeinated green tea beverage will be when it hits store shelves.

그럼 과연 얼마나 효과가 있을까요?
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저 제품의 상자에 써 있기로는 이렇게 씌여있군요.

"Three cans per day of Enviga have been shown to increase carolie burning by 60-100 Calories in the healthy normal weight 18-35 year olds. (건강하고 젊은 18-35세의 평범한 사람들이 하루에 3캔을 마시면 약 60-100 칼로리를소모하는 효과가 있음)

여기에 대한 평가는 읽는 분들 각자에게 맡기기로 하죠. 제 개인적인 느낌으로는 매력적인 면이 있다고 봅니다. 미국인들의 소다류 (코크, 스프라이트, 환타, 펩시, 닥터 페퍼 등등등) 소비는 우리의 상상을 초월합니다. 따라서 코카콜라만 해도 클래식, 다이어트, 제로, 등등 여러가지 제품이 있고 칼로리를 어떻게 줄이느냐가 큰 문제이기도 하죠. 코카콜라 1캔에 30-40그램의 당분이 들어있고 칼로리도 약 120-150 kcal를 섭취하게 됩니다. 그런데 같은 소다류이지만 칼로리를 오히려 태워없애준다고 하면? 매력적이죠.

그럼 과연 뭐가 들었길래 칼로리를 태워주는 것일까요?
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저 옆의 영양 성분표 밑을 보시면 다음과 같은 물질들이 들어있습니다.

Carbonated water (탄산수),
Calcium lactate
Concentrated green tea from tea leaves (녹차농축물)
Citric acid (구연산)
Phosphoric acid
Potassium sorbate and potassium benzoate
Natural flavors,
Aspartame,
Caffeine,
Acesulfame potassium
입니다.

단맛은 아스파탐으로 내는 것이구요. 설탕이나 이런 것은 당연히 칼로리를 높이니까 들어있을 이유가 없겠죠.


역시 칼로리 버닝에 제일 중요한 것은 바로 녹차추출물과 카페인입니다. 녹차추출물의 항산화제 중요성분인 Epigallocatechin gallate (EGCG)는 캔 하나 (355ml, 좀 크죠? 캔 자체가 위아래로 길쭉합니다. 날씬하다고 해야할까요?)에 90mg이 들어있고 카페인은 100mg이 들어있습니다. 바로 이 두성분이 함께 있으면 칼로리 소모를 더욱 촉진하는 역할을 한다는 것이 이 음료의 특징이 되겠습니다. 참고로 카페인 100mg은 커피 한 컵 정도에 들어있는 카페인 양입니다. 그러니까 카페인 때문에 커피 잘 못드시는 분들은 좀 생각해 보셔야겠습니다.
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더 자세한 내용은 Enviga.com에서 확인해보시면 되겠습니다.

자, 그럼 제일 중요한 맛은? 이건 순전히 제 개인적인 느낌이지만 약간의 네스티 냄새와 강한 탄산수 냄새, 그리고 제가 먹은 것이 berry 제품이라서 그런지 berry 향이 강하게 납니다. 다른 소다류와 맛에서 큰 차이를 느끼진 못하겠고 한마디로,

"맛은 그냥 그렇습니다.^^"

 (참고로 저는 소다류를 별로 좋아하지 않습니다.)

그런데 이건 하나 언급해야겠네요. 60-100 칼로리를 태운다고 써있는데, 정확하게 말하면 60-100 킬로칼로리입니다. 엔비가의 임상실험을 요약한 데이터가 회사 홈페이지에 있네요. 궁금하신 분들은 한 번 보시죠.

http://enviga.com/_doc/nestle_abstract.pdf

2장 1절 Archaea (고세균, 시원세균, 원시세균, Archaebacteria)

제 2 장. 극한미생물 (아키아)의 분류 및 특성

미생물의 분류는 시간이 지남에 따라 새로운 미생물이 발견되면서 계속적으로 변하는 학문이다. 또한 분류방법도 생육 특성이나 형태학적인 방법부터 분자생물학적 방법을 이용한 계통분류에 이르기까지 다양한 방법이 있다. 게다가 극한미생물은 계통학적으로 다양한 종에 걸쳐 존재하기 때문에 그 분류가 쉽지 않고 그 생육 특성에 따라 분류하는 것은 생육 조건 이외의 다른 공통적인 특성을 찾기가 상당히 어려운 경우가 많다. 따라서 이 장에서는 현재 가장 많이 사용되는 우즈의 3 도메인 분류법 (Archaea, Bacteria, Eukarya)에 따라 극한미생물과 거의 동의어처럼 사용되는 아키아의 분류학적 특성에 대해 주로 살펴보고 세균 및 진균성 극한미생물들에 대해 간단히 다루도록 하겠다.

1.아키아

1.1. 아키아의 특징

아키아와 박테리아는 공통적으로 진핵세포에서 볼수 있는 핵막이나 기관이 없고 긴 원형의 chromosomal DNA를 갖고 있으며 간혹 작은 플라스미드를 갖고 있는 경우도 있다. 또한 특정 대사와 연관된 아키아와 박테리아 유전자들은 공히 오페론을 이루거나 클러스터를 이루고 있는 경우가 많으며 아키아와 박테리아 모두 type II 제한효소 (인식부위와 절단부위가 모두 특이성이 있는 제한효소) 시스템을 가진다.

하지만 이 둘을 가르는 가장 큰 차이점은 크게 세가지 정도로 요약할 수 있는데 첫째는 유전자 및 단백질의 상동성, 둘째는 세포벽과 멤브레인의 구성, 세째는 DNA 복제 및 단백질 합성에서의 eukarya와의 유사성이다.

1). 아키아 세포벽과 멤브레인의 구성

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아키아가 다른 생물종과 다른 가장 큰 차이는 cell membrane의 형태학적 차이이다. 위의 그림에서 보듯이 아키아는 멤브레인을 구성하는 인지질의 구조에 있어서 약 4가지의 차이점을 보이는데 1) 글리세롤의 방향성 (L-form), 2) 에테르 결합, 3) isoprenoid chain, 4) branch가 있다는 점이 다르다.


2) 아키아 단백질의 상동성과 대사 경로

아키아는 일반적으로 DNA 복제, 전사, translation 등 소위 central dogma에 관련된 단백질은 Eukarya의 시스템에 가깝고 기본적인 대사의 경로는 Bacteria에 가깝다. 따라서 리보좀(ribosome)의 경우에도 박테리아 리보좀의 기능을 저해시키는 화학물질들이 아키아의 리보좀에는 잘 작용하지 않는 경우가 있다. 또한 전사RNA (tRNA)의 구조에 있어서도 아키아의 tRNA는 박테리아나 eukarya의 tRNA구조와도 구별된다.


1.2. 아키아의 계통학적 분류

최근까지 아키아는 크게Crenarchaeota, Euryarchaeota, Korarchaeota 이렇게 3개의 문(phylum)으로 분류되어왔으나 (칼 우즈의 첫 논문, 1990  PNAS에서는 kingdom이라고 분류했다) 2002년 대표적인 고온균 연구가 칼 스테터 (Karl O. Stetter) 연구진에 의해 Nanoarchaeota 라는 새로운 종이 발견됨(Nature, 2002)에 따라 현재는 4 종류로 크게 분류한다. 이들 분류는 계통학적 분류이기 때문에 16S rDNA 염기서열 이외의 공통적인 특성을 찾기가 어려운 경우가 많다.


1) Crenarchaeota

Euryarchaetoa보다 좀 더 원시적인 아키아로 여겨지는 Crenarchaeota 종류들은 초기에 hyperthermal vent등이나 온천등에서 분리되어 대부분이 초고온성 아키아라고 여겨져왔다. 현재까지 동정된 미생물 중에서 최고의 온도(113도) 에서 자라는 것으로 알려진 Pyrolobus fumarii와 2004년 UMASS의 데렉 러블리 교수팀에 의해 지구상에서 가장 높은 온도에서 자라는 것으로 보고된 strain 121 (121도)도 모두 Crenarchaeota에 속한다.

그러나 최근에는 해수나 토양등의 저온 환경 샘플에서 추출한 DNA에서 Crenarchaeota에 가까운 염기서열들이 보고됨에 따라 지금까지의 생각과는 달리 좀 더 광범위한 환경에 서식할 가능성이 점쳐지고 있다. 현재까지 저온성 Crenarchaeota의 배양에 성공한 몇몇 보고는 거의 없다. (Simon et al, AEM 2005 71:4751)

참고http://pacelab.colorado.edu/Publications/163/cren.html

Crenarchaeota 세포의 모양은 매우 다양하다. 포도상구균과 비슷한 Staphylothermus, 불규칙한 lobed 타입의 Sulfolobus, 디스크처럼 생긴 Thermodiscus, 필라멘트처럼 가느다란 Thermofilum, 직사각형에 가까운 간균 Pyrobaculum 등등이 있다.

Crenarchaeota에 속하는 아키아들은 호기성균부터 혐기성균까지 다양하게 존재하며 영양요구성도  chemoorganotrophs로부터  chemolithoautotrophs에 이르기까지 매우 다양하다.

가장 대표적인 특징은 위에서 언급한 호열성과 함께 호산성이다. Crenarchaeatoa중 가장 많은 연구가 된 대표적인 균인 Solfolobus solfataricus가 속해있는 Sulfolobales 목 (目, order)은 pH 1에서 2 사이에서 가장 잘 자라며 pH 7 이상에서는 사멸한다. 

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최근까지는 Crenarchaeota에는 archaeal 히스톤 유전자가 존재하지 않는것으로 알려져 왔으나 최근 해양 crenarchaeota에서 히스톤 유전자가 밝혀져 (J Bacteriol. 2005 Aug;187(15):5482-5) 계통 진화적인 관심을 받고 있다. 


2) Euryarchaeota

Euryarchaeota는 한가지 특징으로 정리하기 어려울 정도의 다양한 아키아들이 속해있다. 현재까지 이들을 분류하는 전통적인 방법은 주로 생육 특성에 따른 분류방법으로 i) 초호열균 ii) 메탄생성균, iii) 호염균, iv) Thermoplasma 로 분류한다.

(참고http://www.earthlife.net/prokaryotes/euryarchaeota.html)

i) 초호열균 (Hyperthermophiles)

대부분의 초호열성 euryarchaeota 들은 hydrothermal vent에서 발견되었고 생육 최적 온도가 80 C 이상이다. 초호열균에 속하는 가장 대표적인 다섯종 (genus)은 Thermococcus, Pyrococcus, Methanopyrus, Archaeoglobus, Ferroglobus인데 이 중 ThermococcusPyrococcus 는 유전적으로 아주 가까운 절대혐기성 chemoorganotrophs 로서 다양한 탄소원을 이용하는 대사 경로가 있어서 가장 많은 연구가 이루어지고 있다. 특히 현재까지 Pyrococcus 3종 (P. furiosus, P. horikoshiii, P. abyssi)과 Thermococcus 1종 (T. kodakaraensis)의 지놈이 보고되어 비교유전학 (comparative genomics) 연구에 좋은 재료가 되고 있으며 국내에서도 한국해양연구원의 연구팀에서 Thermococcus sp. NA1의 유전체 해독이 진행중에 있다. Archaeoglobus 는 아키아 중에서 독특하게 sulphate (SO42-)를 황화수소 (H2S)로 환원시키는 미생물이며 Methanopyrus는 심해저 환경의 암석으로부터 수소와 이산화탄소를 이용해 메탄을 생성하는 초호열성 아키아이다.

ii) 메탄생성균 (Methanogens)

현재까지 알려진 아키아의 약 45% 가량이 메탄을 생성하는 메탄 생성균이다. 따라서 산소가 없는 다양한 호수, 늪, 심해저, 동물의 장내 등등의 환경에서 제일 많이 발견되는 아키아가 methanogen이며 메탄 생성의 원료도 이산화탄소, 수소, formate, 일산화탄소, 메탄올, 메틸아민, 다이메틸아민,  트리메틸아민, 메틸머캡탄, 아세테이트 등 다양하다.

극한미생물 중에서 가장 먼저 지놈 시퀀스가 밝혀진 Methanococcus janaschii는 메탄생성균이면서도 초호열성 아키아이지만 Methanococcus maripaludis 는 메탄생성 아키아라는 것 이외에는 다른 어떤 극한 특성도 보이지 않는다. 

iii) 호염성균 (Halophiles)

호염성 아키아는 계통학적 분류상에 Halobacteriacea family에 속하는 일련의 아키아를 뜻하는데 바닷물 10배의 염농도 (9%=1.5M) 이상에서 주로 생육한다. 현재까지 알려진 모든 호염성 아키아는 그램 음성 염색이 되며 포자를 생성하지 않고 bunary fission에 의해 증식한다. 약 2M 에서 5M 사이의 무기염 농도에서 생육하는 호염성 아키아는 세포벽을 이용한 삼투압 조절은 하지 않고 대신 세포 내부 이온 농도에 대한 외부 이온 강도의 밸런스를 유지하거나 세포내의 단백질들과 다른 거대분자들이 높은 이온 강도의  환경에서 기능을 하도록 그들을 변형함으로서 외부 환경에 적응한다.  

호염성 아키아의 대표적인 미생물로는 Haloarcula, Halobacterium, Haloferax, Natronomonas등이 있으며 이들은 상대적으로 다른 아키아에 비해 균을 키우기가 용이하다. Halobacterium sp. NRC1은 중온성이며 호기성균으로서 유전자조작이 용이해 현재까지 가장 많은 연구가 이루어진 haloarchaea이다. Halobacterium sp. NRC1 의 지놈 시퀀스는 2000년에 호염성 아키아 중에는 처음 보고되었고 Haloarcula marismortui의 지놈은 2004년에 보고가 되었으며 Haloferax volcanii DS2 의 지놈은 현재 온라인 상에서 공개가 되어있다.  

iv) Thermoplasma

Euryarchaeota 중 가장 알려지지 않은 Thermoplasma들은 낮은 수소이온농도 (pH)에서 잘 자라고 약산성이나 중성 이상의 pH에서는 죽는 극산성 미생물들이다.  현재까지는 Ferroplasma, Picrophilus, Thermoplasma 세 종 (Genus)이 보고되었고 이중Picrophilus는 최적 pH가 0.7 이고 pH 4 이상에서는 사멸하는 지구상에 알려진 가장 극산성 미생물로 여겨지고 있다. 가장 많은 연구가 이루어진 Thermoplasma acidophilum strain DSM 1728은 고온성며 호산성 아키아로서  생육 최적온도는 55C, 최적 pH는 2이다.

Thermoplasma 아키아들의 가장 큰 특징은 세포막은 있으나 세포벽이 없다는 것이다. 이들의 세포막은 만노스와 글루코스가 붙어있는 tetra-ether lipid (lipoglycan)로 구성되어 있어 lipopolysaccharide와 유사하다. 

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(그림출처: BBRC Volume 97, Issue 2, 28 November 1980, Pages 493-499)


3) Korarchaeota

Korarchaeota는 대부분 uncultured 미생물로서 environmental DNA에서 분리한 16S rDNA의 시퀀스를 통해 알려진 미생물들이다. 주로 고온성 환경에서 분리된 DNA에서 보고되어 고온성일 것으로 추축은 하지만 실제로 배양된 경우가 없기 때문에 단지 16S rDNA 상의 변이가 일어난 것일 가능성도 배제하지는 못한다.


4) Nanoarchaeota

대표적인 고온균 연구가 Karl O Stetter 연구진이 해저 열수 분출구에서 발견하여 2002년  <네이처>에 보고한 Nanoarchaeum equitans 는 직경이400nm 정도의 구균이며 초고온성이고 혐이성이며 숙주에 공생하는 아키아이다. 숙주는Crenarchaeota 의 하나인 Ignicoccus 속이며 죽은 Ignicoccus 의 세포 분쇄물 (homogenates)와는 자라지 못한다. 지놈의 크기는 0.49Mbp정도로 알려진 아키아의 지놈 중에서 가장 작다. 2003년 미국의 바이오텍회사인 디버사 (Diversa)에 의해 지놈 시퀀스가 보고되었다. 

2007년 3월 23일 금요일

Tag Removal Proteases (His-Tag 제거용 등등)

단백질을 가지고 실험을 하는 것은 DNA work보다 훨씬 더 힘듭니다. 단백질을 순수 정제하는 것은 정말 노가다(?)에 가깝죠. 그래서 많은 이들이 어떻게든 정제를 쉽게 해보기 위해 만들어낸 것이 affinity tag 입니다. 가장 대표적인 것이 6xHis-tag이고 MBP (maltose binding protein), GST, CBP (chitin binding protein) 등등 여러가지가 있습니다. 하지만 이런 tag이나 커다란 단백질이 붙어있으면 여러가지로 방해가 되기 때문에 이 tag을 제거하는 방법들이 고안되었습니다. 아래는 tag 제거에 사용되는 단백질 분해효소들입니다.

제 개인적으로는 TEV protease가 제일 좋더군요. Thrombin이나 PreScission은 좀 문제가 있었고, 최근에 나온 HRV 3C나 TagZyme은 사용해 보지 못했습니다. 그런데 Invitrogen에서 파는 TEV는 생각보다 별로였습니다. TEV protease는 원래 stability가 매우 낮은데 invitrogen의 것도 그렇게 좋지 못한 것 같습니다. 그냥 이거 개발한 사람에게 클론을 보내달라고 하면 보내줍니다. ^^

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(위 그림은 인비트로젠의 브로셔 사진)

하지만 아래의 효소들은 다 나름대로 특징이 있습니다. 예를 들어 TEV나 HRV 3C는 효소 자체에 His-tag이 붙어있어서 His-tag 제거에는 최고입니다. His-tag가 제거된 단백질과 분리가 자연스럽게 되니까요.

Qiagen의 신제품 TagZyme은 N-말단부터 2개의 펩타이드를 자릅니다. 그러니까 N-terminal His-tag 제거에만 사용가능하고 His-tag 이후 몇개의 아미노산이 더 잘려나갈 수도 있습니다.

아래는 각 효소들과 간단한 특징입니다. 링크를 따라가시면 각 회사의 카탈로그나 제품 정보를 보실 수 있습니다.

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2007년 3월 22일 목요일

고등학교 화학 또는 일반화학에서의 결합

가끔은 너무나 기본적인 내용이 생각이 안나서 고민을 하게 만드는 경우가 있습니다. 바로 Ni-NTA와 히스티딘의 결합같은 경우가 그런 것인데요. 하긴 저희 랩의 절반은 화학을 전공한 친구들인데 그 친구들도 유기화학하는 방에 물어보라고 했습니다. ^^ 아무튼 그래서 일반화학에서 배운 내용을 간단히 정리합니다.

일단 화학에서 물질간의 결합은 크게 아래와 같이 두가지로 나눕니다.  

1) 화학결합 (bonds)
2) 분자간 결합 (상호작용, interactions)

1)의 화학결합은 다시

1-1. 이온결합
1-2. 공유결합
1-3. 배위결합
1-4. 금속결합

2)의 분자간 상호작용은

2-1. 반데르발스힘 (분산력)
2-2. 수소결합
2-3. 쌍극자-쌍극자 상호작용

으로 나눌 수 있습니다. (자세한 내용은 링크한 네이버 백과사전을 참조하시길...)

물론 엄밀한 의미에서 이런 결합은 설명의 방법입니다. 예를 들어 순수한 이온결합은 존재하지 않으며 이온결합은 공유결합이나 금속결합이 어느 정도 포함되어 있습니다.

다음은 위키에 나와있는 각 결합의 정도입니다.

A very approximate strength order would be:
Bond type Relative strength
Ionic bonds
1000
Hydrogen bonds
100
Dipole-dipole
10
Van der Waals Forces
1


 

Ni-NTA His-tag affinity chromatography

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아마 모든 실험실에서 가장 많이 사용하는 단백질 정제 방법이 히스티틴 tag을 이용한 affinity 크로마토그래피일 것입니다. 이미 여러회사에서 상용화된 수지(resin)을 팔고 있습니다. 물론 값은 엄청나게 비쌉니다. 그 중 가장 많이 사용하는 Qiagen의 Ni-NTA superflow수지는 500ml에 3800불이나 합니다.
 
NTA는Nitrilotriacetic acid의 약자로서 분자식이 C6H9NO6입니다. NTA는 대표적인 메탈 킬레이터인 EDTA와 비슷한 성질을 갖는데 자연에서 잘 분해가 안되는 EDTA에 비해 쉽게 분해되기 때문에 장점이 있습니다.

(위 사진은 wiki에서 가져온 NTA)
 
이 NTA는 다양한 금속이온을 킬레이팅 하기 때문에 거기에 Ni을 붙이고 지지체와 연결시킨 것이 Ni-NTA resin입니다. 아래 그림에서 보시는 바와 같이 Ni 이온은 히스티딘의 이미다졸링과 배위공유결합을 할 수 있습니다. 하지만 고농도 (약 300mM)의 free imidazole을 넣어주면 히스티딘이 유리되어 단백질이 떨어져 나오는 것입니다.  

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(위 그림은 www.nanoprobes.com 에서 가져왔습니다.)



아미노산의 하나인 히스티딘은 아래 그림에서 보듯이 side chain에 이미다졸 링을 가지고 있습니다. 그래서 Arginine, Lysine과 더불어 양전하를 띄는 염기성 아미노산입니다. 하지만 사이드 체인의 pKa 값이 6.0이기 때문에 실제로 pH6 이상에서는 양전하를 띄지 않고 중성입니다. 그래서 남은 전자를 Ni 이온과의 배위결합에 이용합니다.

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2007년 3월 21일 수요일

단백질과 pI (isoelectric point, 등전점), 이온교환수지 선택

아미노산은 pH에 따라 산과 염기로 이온화가 가능한 물질입니다. 따라서 아미노산의 결합체인 단백질도 pH에 따라 자기 고유의 전하를 띄게 됩니다. 보통 단백질의 net charge는 pH에 따라 달라지는데 이렇게 단백질의 net charge가 0이 되는 pH를 그 단백질의 등전점 (isoelectric point, pI)라고 부릅니다. 보통 단백질의 net charge는 전체 아미노산보다는 단백질 표면의 아미노산이 더 중요한 영향을 주지만 구조를 모르는 상황에서 등전점을 구하기 위해 아미노산 구성만을 가지고 이론적 pI (Theoretical pI)를 계산하기도 합니다.

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주의할 것은 단백질을 pI 에 해당하는 buffer pH에 보관하면 버퍼에 녹지않고 침전이 생긴다는 점입니다. 그래서 등전점 보다는 높거나 낮은 버퍼에서 정제 등의 작업을 하는 것이 일반적입니다. 보통 등전점보다 높은 pH로 가면 단백질은 음전하를 띠고 등전점보다 낮은 pH에서는 양전하를 띕니다. 그래서 Native page를 걸 경우 각각의 전하에 따라 이동하는 방향이 다르기 때문에 전극의 방향을 주의해야 합니다.

또한 이온교환 수지를 이용해서 정제를 할 경우 양이온교환수지 (Pharmacia Q 컬럼)를 이용하려면 등전점보다 높은 pH의 버퍼를, 음이온 교환수지 (Pharmacia SP 컬럼)를 이용하려면 등전점보다 낮은 pH의 버퍼를 사용해야 합니다.

정리하자면 버퍼 pH가,

등전점보다 높으면 ---> 음전하 ---> 음이온교환수지 (Q, DEAE)
등전점보다 낮으면 ---> 양전하 ---> 양이온교환수지 (SP, CM)

이온교환에 대한 기본적인 이론에 대해서는 다음의 사이트를 참고하시면 도움이 될 겁니다.

http://www.proteinchemist.com/tutorial/iec.html

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The 10 Emerging Technologies 2007 by Technology Review of MIT

MIT에서 발행하는 격월간 잡지 Technology Review에서 올해도 어김없이 지난 3월초에 10가지 "뜨는 기술"들을 선정해서 발표했습니다. 최근엔 한국에도 이 잡지가 많이 소개되었죠. 한국인 과학자가 소개된 적도 있구요. 아무튼 올해의 10가지 뜨는 기술은,

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1) Peering into Video's Future
2) Nanocharging Solar
3) Neuron Control
4) Nanohealing
5) Augmented Reality
6) Invisible Revolution
7) Digital Imaging, Reimagined
8) Personalized Medical Monitors
9) A New Focus for Light
10) Single-Cell Analysis

이렇게 10가지군요. 그런데 의외로 순수(?) 바이오텍 분야의 기술은 뉴런 컨트롤 정도이고 나머지는 역시 BT-NT fusion에 가까워 보입니다.

물론 이 기술들에 대한 만만치않은 반론도 있을 수 있습니다. 5년전의 "뜨는 기술"을 들여다 본다면, 더욱 그렇죠. 분명히 그 기술들이 새로운 분야들을 열었지만 아직도 뜨고 있는 경우가 많습니다. 그만큼 실용화나 이런 것은 요원해 보이는 경우도 있다는 이야깁니다.

하지만 분명한 것은 적어도 이런 분야들이 앞으로 5년 남짓한 시간동안 중요한 트렌드를 이루어낼 수 있는, 펀드가 몰릴 수 있는 분야인 것은 확실하다고 봅니다. 그런 트렌드를 공부하는 의미에서 한 번 일독해 보는 것도 좋을 듯 싶습니다. 물론 저도 무슨 이야긴지 잘 모르겠는 이야기들이 대부분입니다만...

1장 4절 극한미생물 연구 단체 및 학회들

4. 극한미생물 연구 단체 및 학회들

4.1. 학술 단체 및 저널

현재 극한미생물학에 관련된 학술 단체는 가장 대표적인 국제극한미생물학회 (ISE, The International Society for Extremophiles)를 들 수 있다. 1996년 포르투갈에서 첫번째 극한미생물 컨퍼런스를 개최한 것을 계기로 1997년 극한미생물을 연구하는 학자들이 모여 저널 "Extremophiles"을 창간하였다.

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그리고 그 에디터들을 중심으로 2002년 학회로 재구성한 단체이며 기존의 극한미생물 컨퍼런스를 이어받아 2년에 한번씩 국제 학회를 개최하여 극한미생물 연구의 중심이 되고 있다. 저널 "Extremophiles"의 편집장이었던 호리코시가 1대 회장을 역임하였고 현재는 가로 안트라니키안 (Garo Antranikian)이 2대 회장으로 있다.

국제극한미생물학회의 주 연구대상이 모든 극한미생물을 대상으로 한다면 아키아만을 대상으로 하는 “아키아 고든 컨퍼런스 (GRC, Gordon Research Conferences)”가 있다. 정식 명칭이 “Archaea: Ecology, Metabolism & Molecular Biology”인 이 컨퍼런스는 가장 오래전인 1984년에 Molecular Aspects Of Methanogenesis라는 이름으로 첫 모임을 시작하였고 1999년부터 격년으로 열리고 있다. GRC는 특정 주제에 맞는 소규모 전문 학술모임을 지원하는 단체인데 격년제로 열리는 아키아 미팅은 가장 선진적인 연구만을 발표하는 공간이다. 2002년에는 이들을 중심으로 아키아만을 대상으로 하는 과학 저널 [Archaea]가 창간되었다.

고온균에 관한 연구만을 위한 국제적인 연구모임으로 “Thermophiles” 미팅이 있다. 이 컨퍼런스는 1990년 이탈리아에서 시작되어 극한미생물에 관한 학술모임으로는 가장 오랜 역사를 가지고 있으며 2007년 노르웨이에서 9번째 모임을 가진다. 다른 학회와 달리 고온균의 생태, 대사, 분자생물학, 효소 등에 관한 다양한 연구발표를 하고 있다.

2009년엔 중국 베이징에서 열린다.


4.2. 연구 기관

2004년일본해양연구개발기구 (Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology)로 이름을 바꾼 일본의 JAMSTEC (Japan Marine Science and Technology Center, 일본해양과학기술센터)은 극한미생물뿐만이 아니라 해양에 관련된 다양한 연구를 하는 기관으로 잠수탐사선 및 무인탐사기와 같은 심해저 탐사장비의 개발은 물론 이를 이용하여 심해저속의 극한생물에 관한 연구를 수행하고 있다. 그 산하의 극한환경생물권연구센터가 극한미생물 연구를 주도하는 기관인데 그 센터의 소장이 호리코시 박사이며 2001년부터 새롭게 DeepStar 프로젝트를 통해 심해저에 생육하는 극한미생물의 탐색에 관한 연구를 수행하고 있으며 최근에는 호압균 (piezophiles 또는 barophiles) 연구에 선도적인 역할을 하고 있다. 

국내에서는 몇몇 연구자들이 극한미생물 및 그 효소의 응용성에 대한 연구를 하면서 시작되었으나 본격적인 극한미생물에 관한 관심은 1996년 여름 연세대 생물산업소재연구센터 (BRC, Bioproducts Research Center) 주관으로 <특수환경 미생물의 탐색 및 응용> 심포지움을 개최하면서 시작되었다. 이후 연세대 생물산업소재연구센터의 변유량 교수팀은 국제극한미생물학회의 임원진인 독일의 안트라니키안 교수 및 일본의 오시마 교수등과 협력하여 국내 온천 및 인도네시아 지역등에서 고온균 및 초고온균의 분리, 동정, 그 유전자원 및 효소의 응용에 관한 연구를 수행하고 있다. 이 외에도 한국생명공학연구원의 성문희 박사팀은 퇴비에서 자라는 고온성 공생세균 Symbiobacterium toebii 에 관한 연구를 진행하여 유전체 분석을 마친 상태이고 서울대 박관화 교수팀은 고온성 효소에 관한 연구를 활발히 진행중에 있다.

최근에는 해양수산부에서 주관하는 '마린바이오21사업'의 일환으로 한국해양연구원에 "해양,극한생물 분자유전체 연구단"을 설립하여 해양 생물자원 및 유전체 자원의 통합적인 관리와 활용, 해양생명공학 산업의 활성화를 위한 연구에 매진하고 있으며 초고온성 아키아 Thermococcus sp. NA1 의 유전체분석 연구를 수행중에 있다.



2007년 3월 20일 화요일

미국 대학의 기능성식품 (Nutraceuticals) 연구소들

기능성식품이라는 단어는 사실 자연과학자들에게는 그 이름이 알려진 초기엔 불신의 대상이었습니다. 왜냐하면 충분한 실험을 거치지 않고 광고의 수준으로 먼저 대중에게 알려졌기 때문입니다. 의약품의 경우 개발 이후에도 10년에 가까운 임상과 부작용 테스트를 거치는 것과 비교하면 그럴만도 합니다.
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하지만 일본에서 functional foods라는 이름으로 시작된 기능성식품은 최근 Nutraceuticals라는 이름으로 더 많이 불리는데 미국에서도 점점 많은 연구자들의 관심을 모으고 있습니다. 물론 아직 한국과 일본의 관심보다는 훨씬 못합니다만.

그래서 미국 대학에서도 이런 추세에 맞추어 기능성 식품 연구소들이 생겨나고 있습니다. 가장 대표적인 두 연구소를 들라고 한다면 럿거스대학(뉴저지주립대학)과 사우스 캐롤라이나의 사립인 클렘슨의 연구소들입니다.

생물 및 식품가공분야에서 뛰어난 학교인 Rutgers University (RU)과 St. Joseph's University (SJU)의 조인트 연구소인 "The Nutraceuticals Institute(NCI) "는 다음과 같은 연구를 진행하고 있습니다.

1) Phytochemical Fingerprinting: Chemical and Immunobiological (RU)
2) Bioassays for Safety and Efficacy (RU)
3) Process Engineering (RU)
4) Clinical Studies and Trials Optimization (RU)
5) Market Demand (SJU)
6) Policy Research - (SJU)
 







남부 사우스 캐롤라이나의 주립대학 클렘슨에 있는 기능성식품연구소의 이름은 "The Institute of Nutraceutical Research (INR)입니다. 재미있는(?) 것은 16명의 faculty중에 4명이 중국인이라는 것입니다. 사실 오래전부터 한의학같은 것이 있었기에 기능성식품에 관해서는 한국, 일본, 중국 등이 더 이니셔티브를 갖고 있다고 해도 과언은 아닐 것 같습니다.
 

2007년 3월 19일 월요일

MASS로부터 단백질의 post-tanslational modification 예측하기

분자생물학의 발전이 DNA 염기 서열 분석법과 함께 급속도로 발전을 했다면 최근에 질량분석법(MASS spec)의 발전은 단백질체학 및 관련 분야의 발전에 큰 공헌을 하고 있습니다. 보통 단백질을 정제해서 MASS를 찍으면 우리가 계산한 단백질의 분자량과 약간 다르게 나오는 경우가 많은데 그런 경우는 유전자의 변이가 생겼거나 아니면 post-tanslational modification이 일어난 경우일 것입니다.

아래의 사이트는 실제로 얻은 분자량이 이론적인 분자량과 다를 경우 어떤 post-tanslational modification이  일어났는지를 예측할 수 있도록 만들어 놓은 reference들 입니다. 분자량의 차이를 입력하고 확인하실 수도 있고 아니면 밑의 more를 누르시면 전체 reference를 보실 수도 있습니다.

http://www.abrf.org/index.cfm/dm.home
 

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