2007년 6월 30일 토요일

삼성이 선정한 차세대 3대 바이오텍 사업

아래 기사를 보시면 아시겠지만 삼성이 차세대 3대 바이오텍 사업의 구상을 밝혔다고 합니다. 그 세가지는,

1) 질병 자가진단 칩(Chip) 사업
2) 만성질환을 관리하는 헬스케어 사업
3) 질병예방 사업

이라고 하네요. 삼성의 반도체 기술을 이용한 진단칩의 사용이 가장 먼저 상용화될 수 있을 것 같군요. 기사에서는 "삼성종합기술원은 이와 관련해 최근 손가락 끝을 찔러 나오는 몇 방울의 피로 단 12분 만에 유전자 분석을 비롯 암, 간염, 류머티즘 등 질환을 진단할 수 있는 디스크 형태의 혈액검사기를 개발했다고 발표"라고 했는데요. 자세한 내용은 못찾았습니다.

전반적인 기술에 대한 개요는 삼성종합기술원 홈페이지에 잘 나와있네요. 조금만 더 바란다면 너무 "기술 중심"인데 조금 더 기초적인 분야까지 신경써 주었으면 하는 바램입니다. 뭐 영리목적의 회사에 너무 많은 것을 바라는 것일까요?

삼성, 차세대 `바이오 3대사업` 나섰다 (이데일리)
삼성종합기술원 홈페이지의 바이오텍 분야 설명

2007년 6월 29일 금요일

Gardasil이 한국에서도 시판된다는군요.

오늘 iGoogle에 뜬 내용입니다. 제가 예전에 포스트했던, 2006년 타임지선정 올해의 발명품에 뽑현던 "소녀들을 위한 성병예방 백신 가다실"이 곧 국내에 시판된다는 뉴스입니다. 그런데 이전 포스트에서 썼듯이 이 백신은,

성생활을 하고 있는 여성은 이미 바이러스를 가지고 있을 가능성이 높기 때문에
9세에서 26세까지의 여성에서 효과가 있고
특히 sexual debut 이전의 11-12세의 여자아이들이 맞아야 효과가 큽니다.

이 약이 사회적인 문제까지 일으키고 있는데 한국에서는 과연 어떨지 궁금해지는군요. 참고로 최근 CDC에서 발표한 미국 성인들의 sex 관련된 보고서는 아래에 있습니다.

http://www.newsmax.com/archives/ic/2007/6/24/95541.shtml

20세 이전에 성관계를 갖는 사람들이 96%라고 하는군요. 15세 이전의 성경험자도 16%나 되고... 확실히 Gardasil이 필요한 나라죠, 미국은.

한국도 그런가요? 떠난지 좀 되어서...

소녀들을 위한 성병예방 백신 "Gardasil"
자궁암 예방 백신’ 국내 시판
자궁경부암 예방백신 '가다실'은 어떤 약?

2007년 6월 27일 수요일

DOE 바이오에너지 연구센터 3곳 선정

드디어 DOE에서 펀딩하는 바이오에너지 연구센터 세 곳이 선정되었습니다. 제가 일하는 연구소와 제 보스도 포함이 되어서 아주 좋은 분위기입니다.^^

그 세곳은 다음과 같습니다.

1. BioEnergy Science Center (BESC)

The Oak Ridge National Laboratory,
The National Renewable Energy Laboratory, Golden, Colo.;
The Georgia Institute of Technology, Atlanta;
The University of Georgia, Athens,
The University of Tennessee, Knoxville.

등의 연구기관이 참여하고 Diversa (새 이름은 Verenium), Mascoma 등의 기업이 함께 참여합니다.

2. Great Lakes center

the University of Wisconsin,
Michigan State University, East Lansing;
the Pacific Northwest National Laboratory, Richland, Wash.;
the Lucigen Corporation, Middleton, Wis.;
the University of Florida, Gainesville;
Oak Ridge National Laboratory;
Illinois State University, Normal;
and Iowa State University, Ames

등의 연구기관이 참여한다고 합니다.

3. Joint Bioenergy Institute

the Lawrence Berkeley National Laboratory in California,
Sandia National Laboratories;
Lawrence Livermore National Laboratory;
the University of California, Berkeley;
the University of California, Davis;

라고 하네요.

각 센터는 앞으로 5년 이내에 새로운 바이오에너지 관련 기술을 개발하는 일을 맡게되며 특별히 cellulosic ethanol, biodiesel 등의 연구를 진행할 것으로 생각됩니다. 각 센터는 매년 2천5백만불 (약 250억)의 지원금을 받는다고 하는군요.

좀 더 자세한 뉴욕타임즈의 기사 전문은 아래를 클릭하시길...

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June 26, 2007

U.S. Is Creating 3 Centers for Research on Biofuels

By MATTHEW L. WALD

WASHINGTON, June 25 — The Energy Department is creating three bioenergy research centers to find new ways to turn plants into fuel.

The three centers, which the department described as three start-up companies with $125 million each in capital, will be in Oak Ridge, Tenn.; Madison, Wis.; and near Berkeley, Calif. They will involve numerous universities, national laboratories and private companies. The goal of the centers, which are to be announced on Tuesday, is to bring new technologies to market within five years.

The new approach supports President Bush’s goal of reducing gasoline consumption by 20 percent in 10 years.

The bioenergy centers will focus on finding naturally occurring microbes that can break down lignin, a component of plants and trees, to give access to the material inside, called cellulose. The cellulose can be converted into ethanol or other liquid fuels, like butanol and biodiesel, said Raymond L. Orbach, the under secretary for science at the Energy Department.

Today, companies trying to commercialize cellulosic ethanol use heat and acids, an expensive process.

They have focused on the cellulose itself, which is made up of six-carbon sugars, the kind that is found in grains that have been turned into fermented products like beer for thousands of years, and of five-carbon sugars, which cannot be fermented by ordinary means. These are bound together tightly, and must be loosened by biological processes.

“There has been tremendous progress,” Dr. Orbach said. “But if you don’t fix the front end, the back end isn’t going be very efficient.”

The centers will also work on creating new crops that produce lignin that is easier to deal with, he said.

Ethanol is increasingly used as a gasoline substitute, but that has driven up the price of corn. “There’s a lot of biomass in our country that has nothing to do with corn or any other food,” Dr. Orbach said in an interview. One such plentiful plant often mentioned is switch grass.

In another area, the department announced Monday that it would help establish laboratories in Texas and Massachusetts to test designs for wind turbine blades up to 300 feet long, about twice the length of blades now in common use. The size of wind turbines in use has tripled in the last five years and could triple again, but this would require blades of lighter materials that are three times the length of the longest blade that can be reliably tested now in this country, said Andrew Karsner, assistant secretary for energy efficiency and renewable energy.

The two announcements are part of a highly public campaign by the Bush administration to stress its commitment to renewable energy.

One of the new bioenergy centers will be led by the Oak Ridge National Laboratory, an Energy Department lab in Tennessee. Participants include another lab, the National Renewable Energy Laboratory, Golden, Colo.; the Georgia Institute of Technology, Atlanta; the University of Georgia, Athens, and the University of Tennessee, Knoxville.

A Great Lakes center, in Madison, Wis., will be led by the University of Wisconsin, and will include Michigan State University, East Lansing; the Pacific Northwest National Laboratory, Richland, Wash.; the Lucigen Corporation, Middleton, Wis.; the University of Florida, Gainesville; Oak Ridge National Laboratory; Illinois State University, Normal; and Iowa State University, Ames.

The third, the Joint Bioenergy Institute, will be led by the Lawrence Berkeley National Laboratory in California, and will include Sandia National Laboratories; Lawrence Livermore National Laboratory; the University of California, Berkeley; the University of California, Davis; and Stanford. Dr. Orbach said that the centers’ geographic diversity would help researchers examine a wide range of plants.

The centers, each to be financed by $25 million a year, are supposed to be fully operational by the fiscal year beginning Sept. 1, 2009.

2007년 6월 26일 화요일

또하나의 open acces 저널, BMC series

PLoS 시리즈에 이어서 또 하나의 open access 저널을 소개할까 합니다. 바로 BMC 시리즈죠. BMC는 BioMedical Central의 준말로서 생물 및 의학 분야의 무료 저널을 발간하고 있습니다. 현재 BMC 시리즈로 발간하고 있는 저널은 62종에 이릅니다. BMC 시리즈는 아니지만 BioMedical Central에서 무료로 공개하는 저널은 176종에 이르구요.

현재까지 BMC 시리즈 중에서 SCI(E)에 등록된 저널은 18개인데 그 임팩트 팩터는 아래와 같습니다. 아직까지는 PLoS에 비해 저조하지만 성장의 가능성이 크다고 봅니다. 왜냐하면 점점 메이저 연구자들 가운데 BMC에 논문을 내는 경우가 많아지기 때문이죠.

현재 BMC 시리즈로 발간하고 있는 저널은 62종을 보시려면 아래를 클릭하세요.

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2007년 6월 23일 토요일

충격! Diversa가 Biofuel에 올인하여 새 회사로 합병!

Diversa는 누가 뭐래도 이쪽 분야의 leading company중의 하나입니다. 그런데 최근 디버사의 주가가 궁금해서 디버사를 찾아보는데 아무리 찾아도 안나오는 겁니다. 그래서 홈페이지에 가봤더니...

Dicersa는 간데없고 베레니움이라는 회사가 떡하니 버티고 있더군요. 그리고 그 한 편에 있는 안내글...

DIVERSA AND CELUNOL HAVE MERGED TO CREATE VERENIUM, A NEW BIOFUELS INDUSTRY LEADER FOR THE GREEN MILLENNIUM

(디버사와 셀루놀은 합병하여 green millennium을 맞이한 새로운 바이오연료 산업리더인 베레니움을 만들었습니다!)

회사의 모토는 "The Nature of Energy" 이군요.

최고로 다양한 효소 스크리닝 및 다양성 확보 기술 보유 바이오텍 기업과 셀룰로스로 에탄올 만드는 기업과의 합병이라... 확실히 고유가 시대를 맞은 미국에서 바이오에탄올 및 바이오연료가 중요해진 모양입니다. 갑자기 Maxygen의 앞날이 궁금해지는 것은 저만이 아니겠지요?

자세한 보도자료는 아래 (http://biz.yahoo.com/prnews/070620/law149.html?.v=2)

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Press Release

Source: Diversa Corporation

Diversa and Celunol Complete Merger to Create Verenium Corporation, a Leader in the Emerging Biofuels Industry
Wednesday June 20, 8:36 pm ET

Focus on Cellulosic Biofuel Development and Commercialization of Diversified Industrial Enzyme Portfolio

Company to Trade on NASDAQ Global Market under the Symbol 'VRNM'

CAMBRIDGE, Mass. and SAN DIEGO, June 20 /PRNewswire-FirstCall/ -- Diversa Corporation (Nasdaq: DVSA - News) and Celunol Corp. announced today that they have completed their previously-announced merger transaction to create a new leader in the global biofuels industry. The combined company, which has been renamed Verenium Corporation, possesses a growing portfolio of specialty enzyme products and unique technical and operational capabilities designed to enable the production of low-cost, biomass-derived sugars for a multitude of major industrial applications. The most significant near-term commercial opportunity for Verenium will be the large-scale commercial production of cellulosic ethanol derived from multiple biomass feedstocks. In connection with the corporate name change, the Company has also changed its NASDAQ ticker symbol from "DVSA" to "VRNM" and will begin trading under the new ticker symbol effective June 21, 2007.

Stockholders of both companies approved the merger and merger-related proposals earlier today, and all regulatory approvals and closing conditions have been satisfied.

"We are pleased that our respective shareholders have approved our merger and believe their support reinforces our belief in the compelling investment proposition afforded by this transaction," said Carlos A. Riva, President and Chief Executive Officer of Verenium. "After several months of diligent integration planning between the two companies, we are excited to become a single organization and are confident that the transaction represents a unique opportunity for our partners, employees, and shareholders."

"Verenium is now positioned to be a vertically-integrated leader in the rapidly-evolving worldwide biofuels industry through the unique combination of assets, technologies, and personnel resulting from this merger. We believe that commercial success in this industry requires broad R&D capabilities and asset development expertise, which we have now brought together within one, highly-focused company, Verenium Corporation."

    Verenium begins operations with numerous unique attributes, including:

    -- Fully-integrated, end-to-end capabilities in pre-treatment, novel
       enzyme development, fermentation, engineering, and project development;
    -- One of the only operational cellulosic ethanol pilot plants in the
       United States;
    -- A 1.4 million gallon-per-year demonstration-scale facility, currently
       under construction, to produce cellulosic ethanol from sugarcane
       bagasse and specially-bred energy cane;
    -- A diverse and growing portfolio of commercialized industrial enzyme
       products; and
    -- Over 300 issued or in-licensed patents for its technologies and
       processes, as well as over 450 pending patents.

Verenium will be structured and managed as three distinct, but interdependent, organizational units: Specialty Enzymes Business Unit, Biofuels Business Unit, and Research and Development. The Specialty Enzymes Business Unit currently generates commercial revenue from multiple sources, including industrial enzyme product sales, technology licenses, strategic partnerships, and government grants. The Biofuels Business Unit will be primary focused on the commercial-scale production and sale of cellulosic ethanol from company-managed production facilities throughout the US, as well as strategic partnerships and related revenue arrangements around the world. The Research and Development organization's primary goal will be to support both Verenium Business Units, as well as various existing strategic collaborative partners. As of March 31, 2007, the Company had cash, cash-equivalents, and short-term investments on hand of approximately $125.5 million, which, together with approximately $20 million received in early April from the exercise of an over-allotment option related to the recent convertible notes offering, it believes to be sufficient to fund operations through at least 2008.

Verenium's Board of Directors will initially consist of nine members, six from Diversa and three from Celunol, including Mr. Riva. The non-employee Board members are: Dr. James Cavanaugh, who will serve as Chairman of the Board of Directors; Peter Johnson; Fernand Kaufmann, Ph.D.; Mark Leschly; Melvin Simon, Ph.D.; Cheryl Wenzinger; Joshua Ruch; and Michael Zak.

The Company's executive management team is being led by Carlos A. Riva, President, Chief Executive Officer, and Director, and John A. McCarthy, Jr., Executive Vice President and Chief Financial Officer.

Verenium will be headquartered in Cambridge, Massachusetts and have research and operations facilities in San Diego, California; Jennings, Louisiana; and Gainesville, Florida. Due to the complementary nature of the two companies and the level of development activities being pursued, the company anticipates increasing its staff in Cambridge and Jennings, as well as building additional staff over time in San Diego to support the growth of the enzyme business and research and development efforts of the Company.

In connection with the merger, Diversa will issue 15 million shares of common stock in exchange for all outstanding equity securities of Celunol, which includes shares issuable under Celunol options and warrants that will be assumed by the Company. As a result of the merger, former Celunol security holders will own approximately 24 percent of the Company, while Diversa shareholders will own approximately 76 percent. Immediately following the merger, the Company will have approximately 63 million shares outstanding.

About Verenium

Cambridge-based Verenium Corporation is a leader in the development and commercialization of cellulosic ethanol, an environmentally-friendly and renewable transportation fuel, as well as high-performance specialty enzymes for applications within the biofuels, industrial, and health and nutrition markets. The Company possesses integrated, end-to-end capabilities in pre- treatment, novel enzyme development, fermentation, engineering, and project development and is moving rapidly to commercialize its proprietary technology for the production of ethanol from a wide array of feedstocks, including sugarcane bagasse, dedicated energy crops, agricultural waste, and wood products. In addition to the vast potential for biofuels, a multitude of large-scale industrial opportunities exist for the Company for products derived from the production of low-cost, biomass-derived sugars.

Verenium's Specialty Enzyme business harnesses the power of enzymes to create a broad range of specialty products to meet high-value commercial needs. Verenium's world class R&D organization is renowned for its capabilities in the rapid screening, identification, and expression of enzymes-proteins that act as the catalysts of biochemical reactions.

Verenium recently completed a significant upgrade of one of the nation's first operational cellulosic ethanol pilot facilities located in Jennings, Louisiana and expects to achieve mechanical completion of a 1.4 million gallon-per-year, demonstration-scale facility to produce cellulosic ethanol by the end of 2007. In addition, the Company's process technology has been licensed by Tokyo-based Marubeni Corp. and Tsukishima Kikai Co., LTD and has been incorporated into BioEthanol Japan's 1.4 million liter-per-year cellulosic ethanol plant in Osaka, Japan -- the world's first commercial-scale plant to produce cellulosic ethanol from wood construction waste. For more information on Verenium, visit http://www.verenium.com.

Forward Looking Statements

Statements in this press release that are not strictly historical are "forward-looking" and involve a high degree of risk and uncertainty. These include statements related to the Company's competitive advantages and position, technical, operations, production and personnel capabilities, commercial opportunities, prospects for technical and commercial development and success, plans for expanding its cellulosic ethanol business, including by managing production facilities throughout the U.S. and through strategic partnerships and other arrangements elsewhere, and other growth, and the sufficiency of its cash equivalents to fund its operations through 2008. Such statements are only predictions, and actual events or results may differ materially from those projected in such forward-looking statements. Factors that could cause or contribute to differences include, but are not limited to, the risk that the Company may not be able to successfully integrate its businesses or achieve synergies in a timely manner or to the extent anticipated, the risk that the marketplace for the Company's products and product candidates may change or be impacted by competition, supply issues or marketplace trends, the risk that technical, regulatory or manufacturing issues, new data or intellectual property disputes may affect the Company's commercial and/or development programs or that the Company may encounter other difficulties in developing its products, product candidates, and/or processes or in gaining approval or market acceptance of new products, processes, and/or technologies and risks and other uncertainties more fully described in the Company's (formerly Diversa's) filings with the Securities and Exchange Commission, including, but not limited to, the Company's (formerly Diversa's) quarterly report on Form 10-Q for the quarter ended March 31, 2007. These forward-looking statements speak only as of the date hereof. The Company expressly disclaims any intent or obligation to update these forward-looking statements.

Source: Diversa Corporation

2007년 6월 21일 목요일

Glycomics (10 Emerging Technologies by MIT review 2003)

아래의 글은 2003년도 MIT review에 실린 세상을 바꿀 10가지 신기술에 나온 Glycomics 부분입니다. MIT review의 10가지 신기술에대해서는 한 번 소개한 바가 있지요. 아래는 2003년 자료입니다. 기사에서는 짐 폴슨을 위주로 소개되었고 버톨찌, 커밍스 등이 그 외의 주요 연구자로 소개되었군요.

http://www.technologyreview.com/Infotech/13060/page10/

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Glycomics

James Paulson, a researcher at the Scripps Research Institute in La Jolla, CA, lifts a one-liter, orange-capped bottle from his desk. The bottle is filled with sugar, and Paulson estimates that, had the substance been purchased from a chemical supply house, it would have cost about $15 million. "If I could only sell it," Paulson jokes, admiring what looks like the chunky, raw sugar served at health food restaurants.

In fact, Cytel, a biotech company Paulson once helped run, synthesized the sugar-one of thousands made by the human body-with hopes it could be sold to truly boost health. Cytel's aim was to turn the sugar into a drug that could tame the immune system to minimize damage following heart attacks and surgery. That ambition failed, but the effort to understand and ultimately harness sugars-a field called glycomics-is thriving. And Paulson, who has gone on to cofound Abaron Biosciences in La Jolla, CA, is leading the way, developing new glycomic drugs that could have an impact on health problems ranging from rheumatoid arthritis to the spread of cancer cells.

The reason for the excitement around glycomics is that sugars have a vital, albeit often overlooked, function in the body. In particular, sugars play a critical role in stabilizing and determining the function of proteins through a process called glycosylation, in which sugar units are attached to other molecules including newly made proteins. "If you don't have any glycosylation, you don't have life," says Paulson.

By manipulating glycosylation or sugars themselves, researchers hope to shut down disease processes, create new drugs, and improve existing ones. Biotech giant Amgen, for instance, made a more potent version of its best-selling drug (a protein called erythropoietin, which boosts red-blood-cell production) by attaching two extra sugars to the molecule. Other companies such as GlycoGenesys, Progenics Pharmaceuticals, and Oxford Glycoscience have glycomic drugs in human tests for ailments ranging from Gaucher's disease to colorectal cancer. "The medical potential...is absolutely enormous," says Abaron cofounder Jamey Marth, a geneticist at the University of California, San Diego.

Despite the importance of sugars, efforts to unravel their secrets long remained in the shadows of research into genes and proteins-in part because there is no simple "code" that determines sugars' structures. But over the last few decades, researchers have slowly uncovered clues to sugars' functions. In the late 1980s, Paulson and his team isolated a gene for one of the enzymes responsible for glycosylation. Since that watershed event, scientists have been piecing together an ever more detailed understanding of the ways sugars can in some instances ensure healthy functioning and in others make us susceptible to disease.

It's a gargantuan task. Researchers estimate that as many as 40,000 genes make up each person, and each gene can code for several proteins. Sugars modify many of those proteins, and various cell types attach the same sugars in different ways, forming a variety of branching structures, each with a unique function. "It's a nightmare" to figure all this out, says Paulson. "In order for the field to progress rapidly, we need to bring together the experts in the various subfields to think about the problems of bridging the technologies and beginning to move toward a true glycomics approach." In an attempt do just that, Paulson heads the Consortium for Functional Glycomics. The group, comprising more than 40 academics from a number of disciplines, has a five-year $34 million grant from the National Institutes of Health.

Despite this large-scale effort and healthy dose of federal funding, however, Paulson stresses that the consortium cannot detail every sugar in the body. "We're just taking a bite out of the apple." But what a sweet, large apple it is. - Jon Cohen

그 이전에 글라이코믹스에 대해 소개한 글도 참고하시길...

http://www.technologyreview.com/Biotech/12626/

NMR 분광계의 구성 - 3) 본체와 컴퓨터 (일본 wiki번역)

[ 편집 ] 분광계본체

분광계본체는 전자 펄스의 발생과 그 조사의 타이밍을 콘트롤 하거나, probe에 검출한 신호를 증폭하여 spectre로서 얻는 심장부이다.

전자 펄스의(기초)원인이 되는 고주파 전류는 수정 진동자 를 사용한 발진 회로에서 만들어진다. 수정 진동자의 발진 주파수는 매우 안정하고 있기 때문에, 이것이 모든 주파수의 기준이 된다. 이 주파수를 본래에 주파수 신디사이저 에 의하 관측 대상 핵의라모아주파수와 위상을 드는 고주파 전류를 만들어 낸다. 이것을 ON/OFF게이트에 의해 꺼내어 목적의 길이의 펄스로 하여, 고주파 앰프에 소정의 전압까지 증폭 해 probe에 보내준다.

NMRspectre에 있어서 필요한 정보는라모아주파수의 절대값은 아니고, 기준 주파수와의 차뿐이다. FID는 기준 주파수를 반송파 로서 거기에 기준 주파수와의 차의 정보가 오르고 있는 것이라고 볼 수 있다. 반송파의 주파수를 다른 주파수로 변환해 버렸어도 필요로 하고 있는 정보는 잃게 되지 않는다. 그래서, probe부터 보내지게 되는 FID를 우선 고주파 앰프에 증폭한 후, 기준 주파수와 어느(있는) 일정 차를 든 고주파를 만들어 혼합해 주는 것으로, 핵에 의하지 않은 일정 중간 주파수로 변환한다. 이것에 의해 핵종에 의하지 않은 신호 처리가 가능하게 된다. 중간 주파수로 변환된 후는, 또(더욱 더) 증폭 떠나라 검파 된다. 검파에 의해 반송파에 대하는 중간 주파수가 제거되고, 기준 주파수와의 차만이 빼내진다. 검파는 위상 민감 검파 (PSD)나와 이루어진다. 하나의 PSD검파로는 기준 주파수와의 차의 절대값밖에(만) 모르기 때문에, 2개의 위상을 90도 비키어 놓았 PSD를 사용해 검파를 행한다( QPD:Quadrature Phase Detection). 검파된 신호는 A/D변환기에 의해 디지탈 데이타로서 메모리로 축적된다.

[ 편집 ] 컴퓨터

분광계의 각종 설정을 행하거나, 분광계로 축적된 데이타를 처리하기위해 컴퓨터를 이용한다.

고속 후리에 변환법이 보급하고 있지 않았던 시대는, 분광계로 축적되었 FID정보를 대형 컴퓨터에 옮겨 후리에 변환을 행하고 있었다. 현재 시판 되어 있는 퍼스널 컴퓨터는 고속 후리에 변환에 충분한 spec를 구비하(갖추)고 있기 때문에, 특별한 컴퓨터를 사용할 필요지는 않다. 각사의 장치에 측정되었 FID정보를 처리한다 프리 소프트 도 존재한다.

NMR 분광계의 구성 -2) Probe (일본 wiki 번역)

NMR 분광계의 구성

2) Probe

시료에 대해, 전자파 펄스를 쬐고, 또한 시료의 자석화 벡터의 검출을 행하는 것이 probe이다. 외관은 원통형의 장치의 상부에 투입하는 시료관을 받는 요철이 있다. 이 요철의 주위로 펄스의 조사 및 시그날의 검출을 행하기 위한 코일이 감겨 있다. 사용하는 시료관이 액체용인지 고체용인지, 또한 시료관의 굵기의 차이에 의해 사용할 수 있는 probe는 정해져 버린다. probe는 마그넷 하부 중앙에서 마그넷내로 삽입되고, 필요가 있으면 교환하는 것이 가능하다.

probe에는 많은 경우, 2개의 코일이 감겨 있다. 하나는 프로톤과 중수소의 신호로 tuning 되는 코일이다. 다른 하나는 탄소 혹은 기타의 원자(다핵 라고 칭해진다)에 tuning 되는 코일이 되어 있다. 2개의 코일 중에, 시료에 가까운 안쪽에 감겨 있는 코일의 방향이 감도가 높다. 감도가 낮은 것이 많은 탄소 혹은 다핵용의 코일을 안쪽에 감고 있는 probe가 일반적이지만, 미량시료의 H-NMR용으로 프로톤용의 코일을 내측에 감고 있는 probe도 존재한다. 코일은 마그넷이 발생시키는 자기장에 대해 수직 방향의 자장 펄스를 발생시킨다. 영구자석과 초전도 자석에서는 발생시키는 자장의 방향이 다르기 때문에, probe의 코일의 형상도 다르다. 액체용 probe로서 영구자석을 사용한 장치에 사용하는 probe는 solenoid형의 코일이 사용되고, 초전도자석을 사용한 장치에 사용하는 probe는 saddle형의 코일이 사용된다. solenoid형의 방향이 임피던스 정합 를 잡기 쉽고, 또 시료가 돌게 긴밀하게 감는 것이 가능하므로, 조사 가능한 펄스의 강도나 검출 감도를 보다 높게 할 수 있다. 고체용의 probe에는 고분해능 측정용으로 강력한 펄스의 조사가 필요하기 때문에, solenoid형의 코일이 사용된다. 또 자장 경사 펄스를 사용할 수 있는 probe에서는 자장 경사 펄스 발생용의 전용 코일이 더 감겨 있다.

코일을 초전도체에 장착한 cryoprobe는 저온의 헬륨 가스에 의해 회로 전체를 20K 정도로 냉각해 사용한다. 코일의 전기저항이 없기 때문에, 공진 Q값이 대단히 높아져 감도가 향상한다. 또 회로 전체의 냉각에 의해 열에의한 잡음이 억제되기 때문에 S/N비 도 높아진다.

시료관을 코일 내부에 넣기 때문에 시료에 의한 probe의 공명 주파수가 영향을 받는다. 그 때문에 시료마다 tuning를 잡아 고칠 필요가 있다. tuning가 바르게 하지 않은 경우, 검출 감도가 저하한다. 또 내리쬐어지는 펄스의 자장 강도가 저하하기 때문에, 펄스에 의해 쓰러지는 자석화 벡터의 각도가 변해 버린다. 그 결과 decoupling의 효과가 저하하거나, 펄스 시퀀스를 사용하는 측정으로는 측정 자체가 불가능하게 된다.

2006년 Journal Impact Factor가 발표되었군요.

며칠전 드디어 2006년 Journal Impact Factor가 발표되었네요. 필요하신분들은 아래의 사이트를 참조해주시기 바랍니다.

http://portal.isiknowledge.com/

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임팩트 팩터에 관련된 저의 생각은 최근 어느 교수님의 인터뷰의 내용 포스트와 유사하니까 참고해주세요.

2007년 6월 20일 수요일

NMR 분광계의 구성 -1) 마그넷 (일본 wiki 번역)

NMR 분광계는
1) 일정 자기장(외부 자기장)을 걸어주는 마그넷,
2) 전자파 펄스의 조사와 시그날의 검출을 행하는 probe,
3) 전자 펄스의 발생이나 조사의 타이밍 등을 제어하는 분광계본체,
4) 데이타 처리를 위한 컴퓨터로 구성된다.

1) 마그넷

외부 자기장을 걸기 위한 자석은, 영구자석이나 초전도자석이 사용된다. 자장이 강력하게 될수록, 스핀 상태간의 에너지 차이가 커지고, 그 점유율의 차가 커지기 때문에 감도가 높아진다. 또 라모아 주파수는 자기장에 비례하기 때문에, 근접한 주파수를 갖는 peak끼리의 분해능도 높아진다. 그때문에 대단히 강력한 자기장을 발생시키는 것이 가능한 초전도자석을 사용하는 장치가 주류가 되어 있다. 자석의 성질을 발생시키는 자기장의 강도는 그 자기장에서의 프로톤의 라모아 주파수로 표현된다. 예를 들면 11.74 T 의 자장을 발생시키는 자석은 500MHz의 마그넷이라고 칭해진다.
[ 편집 ] 영구자석

1-1) 영구자석

영구자석을 사용한 장치는 원반형의 영구자석 2개를 평행으로 늘어놓아 균일한 자기장을 발생시킨다. 영구자석은 옆으로 나란히 늘어놓기 때문에, 발생하는 자장기은 수평 방향이 되어 있다. 현재 가능한 영구자석을 사용한 장치는 거의 60MHz, 90MHz의 것이다. 감도나 분해능이 뒤떨어지기 때문에 연구 목적으로는 사용되는 기회는 적다.

1-2) 초전도자석

초전도자석을 사용한 장치는 꽤 대규모의 장치다. 전자석의 본체인 코일의 재료로서 강한 자기장하에도 초전도 상태를 유지할 수 있는 제2종 초전도체인 Niob와 타이탄의 합금(300MHz이하)나 Niob와 주석의 합금(800MHz이하)이 사용된다. 코일의 총중량은 수백kg에 달하기 때문에, 설치 장소의 바닥은 꽤 튼튼할 필요가 있다. 코일의 축은 수직 방향이 되어 있기 때문에, 자장의 방향도 수직 방향이 된다. 코일은 액체 헬륨이 들어있는 보온병(데와병)의 내부에 두어지고, 액체 헬륨의 비점(4.2K)이하로 온도가 유지된다. 액체 헬륨은 증발해 잃게 되어 나가기 때문에 정기적으로 보충해줄 필요가 있다. 특히 강력한 자기장을 발생시키는 초전도자석은, 헬륨의 비점(4.2K)에서는 임계자기장이 불충분하기 때문에, 액체 헬륨을 감압해 기화시켜 증발열을 빼앗고, 초유동 전이점(2.1K)이하까지 냉각해 임계 자기장을 높이고 있다. 또 비교적 자기장이 적은 장치에서는 장치 주위에의 누설 자기장을 억제하기 위해서 차폐 마그넷을 붙인 것이 있다. 이것은 메인의 마그넷과 역방향의 약한 자기장을 발생시켜 마그넷외의 자기장을 억제하기 위함이다. 또 액체 헬륨은 값이 비싸기 때문에, 증발을 억제하기 위해, 그 데와병의 주위로 비교적 저렴한 액체 질소를 또 충전해 외부에서의 열전도를 막고 있다.

1-3) Quench

어떠한 이유로 초전도 상태가 깨져 버리는 것을 Quench라고 하다. 초전도상태가 깨어짐으로 인해 전기저항에 의한 열이 발생하고, 냉매로서 사용하고 있는 액체 헬륨 등이 단숨에 기화한다. 마그넷에는 quench시에 데와부터 헬륨을 방출하는 안전판이 있지만, 이것을 옥외에 유도해 놓을 필요가 있다. 실내에 방출시켜 끝나면 산소부족 상태가 될 가능성이 있어 대단히 위험하다.

1-4) Lock

초전도자석을 사용하는 장치에서 측정할 때에는 중수소화된 용매를 사용하는 것이 일반적이다. 이것은 lock를 위해서다. 비교적 장시간의 측정을 행하면, 그 동안에 실온의 변동 등이 원인으로 초전도자석의 자기장 강도가 변화하는 일이 있다. NMR에서는 화학 쉬프트나 스핀 결합과 같이 주파수가 얼마 안 되는 차를 구별할 필요가 있기 때문에, 자장 강도의 변화는 치명적이다. 그래서, 자장 강도의 변화를 추적하여 보정하기 위한 구조가 있고, 이것을 lock라고 부른다. lock는 중수소화 한 용매의 중프로톤의 NMR신호(lock 신호)를 측정하고, 이것이 항상 일정 주파수에 유지되도록 자장을 계속 조정하는 것에 따라 이루어진다.

1-5) Shim

NMR를 측정할 때에 시료중의 자기장의 방향, 강도가 고르지 못하면, 동종의 핵에서도 라모아 주파수에 폭이 늘어나 spectre의 분해능이 저하된다. 그 때문에 시료중의 자기장은 완전히 균일이 되어 있어야 한다. 메인 마그넷 만으로는 자장의 미세한 조정이 불가능하기 때문에, 자장의 미세한 조정용의 다른 코일이 마그넷내에 설치 되어 있다. 이것을 Shim이라고 하다. 초전도자석 cryostat 내의 shim 코일을 cryoshim 코일, 자석의 cryostat 외에서 boa내 probe의 바깥쪽에 있는 shim 코일을 실온 shim 코일이라고 부른다. 이러한 코일에 흐르는 전류의 량을 조정해 자기장을 균일로 하는 것을 shiming 이라고 하다.

cryoshim은 마그넷을 초전도상태로 안정시킨 직후에 설치업자가 조정하고, 그 밖에의 기회에는 조정하는 것은 없다. 한편, 실온 shim은 각 측정시마다 조정할 필요가 있다. 측정시료에 의해 자석화율이 다르기 때문에, 각시료마다 시료안의 자기장이 변화하기 때문이다.

통상, shiming은 lock 신호를 사용해 행한다. 즉, 자기장이 균일이 될 정도로 lock 신호의 라모아 주파수의 폭이 작아지고, 시그날의 강도가 강해지는 것을 이용하고, 가능한 한 시그날이 강해지는 방향으로 shim 코일의 전류를 조정한다. shim 코일에는 다수의 종류가 있고, z1, z2, z3, …, x1, x2, y1, y2, xy, x2y, …등으로 부른다. 이러한 이름은 예를 들면 x2y이라면, 시료안에 x²y에 비례하는 듯한 강도를 드는 자장을 만드는 코일이라는 것을 의미 하고 있다. NMR의 액체 측정시료의 대부분은 직경 5mm의 tube에 4∼5cm 정도의 크기의 용액을 넣는다. 이 때문에, tube 직경 방향인 xy방향보다도, tube의 크기 방향의 z방향의 자장의 불균일의 영향이 크다. 그래서 일상적인 측정으로는 z1, z2, z3의 shim을 조정할 뿐으로 끝낼 수 있고, spinning side band가 관측되는 등, xy방향의 자기장의 불균일한 영향이 나오고 있는 경우에 x, y의 shim을 조정한다.

또 자장 경사 펄스를 사용해 시료중의 자기장을 측정하고, 그것에 따라 shim의 값을 자동 설정하는 gradient shiming이나 FID를 측정하면서 그 포낙선 의 형상을 보면서 shiming하는 방법도 있다.

Shim이란 마무리목이라고 하는 의미에, 전자석으로 NMR을 측정하던 시대에 자장을 균일에 조정하기위해 장치에 나무 판자를 붙여서 조정했던 것에서 유래한다.

NMR spectrometry 개요 (NMR 분광법) (from 일본 wiki 번역)

피관측 원자의 라모아 주파수는 동위원소의 종류와 외부 자기장의 강도에 의해 거의 정해지지만, 동일 동위원소의 원자핵에서도 시료중 각 원자의 자기적 환경에 의해 미세하게 다르기 때문에, 그로부터 분자 구조 등에 관한 정보가 얻어진다. 하나의 NMR spectre에 관측되는 주파수 범위는 비교적 좁고, 한 종류의 동위원자만의 시료중의 상태를 반영한 것이 된다. 즉 NMR은 동위원소 종류에 선택적인 측정법이다.

분광법이기 때문에 얻어지는 데이타는 횡축이 주파수에, 종축이 강도의 spectre 가 되다. 그러나, 어떤 원자의 공명 주파수는 외부 자기장의 강도에 비례해 변하고, 그 피관측 원자 고유의 성질로는 되지 않는다. 그렇지만,

(피관측 원자의 라모아 주파수 - 기준 주파수)/(자기 회전비 × 외부정 자장 강도)

로 정의되는 화학 쉬프트는 피관측 원자 고유의 값이 되기 때문에, NMRspectre의 횡축은 화학 쉬프트로 표현하는 것이 일반적이다. 공명 위치에 나타나는 peak를 가리켜 단지 peak 또는 신호 (signal)라고 부른다.

주로 측정 대상이 되는 원자는 수소 또는 탄소(통상의 ¹²C에서는 없는 핵 스핀을 가지는 동위체 ¹³C를 측정한다)이고, 이들에 관해서는 방대한 자료가 존재한다. 수소원자를 대상이라고 하는 것을 ¹H NMR(프로톤 NMR), 탄소 원자를 대상이라고 하는 것을 ¹³C NMR이라고 부른다. 그 밖의 원소에 관해서도 핵 스핀을 갖고 있기만 하면 원칙적으로는 측정 가능하고, 현대의 유기 화학에서는 가장 많이 사용되는 분석 방법의 하나이다. 유기화합물의 동정이나 구조 결정에 매우 유용하다. 또 X-ray결정법과 더불어 구조생물학의 강력한 무기이다. 측정하는 핵종의 자기 회전비 나 천연 존재비, 전기4 극자모멘트 등의 차이에 의해 감도나 선폭이 다르다.

2007년 6월 17일 일요일

NMR이란? (일본 wiki의 번역)

핵자기공명 (NMR, Nuclear Magnetic Resonance)

외부의 자기장 (magnetic field)에 놓인 원자핵이 고유의 주파수의 전자파와 상호작용하는 현상이다. 이 고유의 주파수가 분자내에서 그 원자의 환경에 의해 미세하게 변화하는 것을 이용하여 물질을 분석하는 방법을 핵자기공명분광법 라고 부른다.

원자번호와 질량수가 모두 짝수가 아닌 원자핵은 0이 아닌 핵스핀양자수I 와 자기쌍극자모멘트를 가지는데 그 원자는 작은 자석으로 간주할 수 있다. 자석에 대해 자기장을 걸면 자석은 자기장 벡터의 주위를 일정 주파수에 세차 운동 한다. 원자핵도 마찬가지로 자기쌍극자모멘트가 세차 운동을 일으킨다. 이 원자핵의 자기쌍극자모멘트의 세차운동 주파수는 라모아주파수 (Larmor frequency)라고 불린다. 이 원자핵에 대해 라모아주파수와 같은 주파수에 회전하는 회전 자기장을 걸면 자장과 원자핵의 사이에 공명이 일어난다. 이 공명 현상이 핵자기공명 (Nuclear Magnetic Resonance, NMR )이라고 불린다.

자기장중에 놓인 원자핵은 제만효과에 의해 자기장의 강도에 비례하여, 일정한 에너지 차이를 가진 2I+1 개의 에너지 상태를 얻는다. 이 에너지의 차이는 정확히 주파수가 라모아주파수의 광자를 갖는 에너지와 일치한다. 그때문에 공명시에 있어서 전자파의 흡수 혹은 방출이 일어나고, 이것에 의해 공명 현상을 검지할 수 있다.

핵자기공명은 발견 당초에는 원자핵의 내부 구조를 연구하기 위한 실험적 수단이라고 생각되었다. 그러나, 이후에 원자핵의 라모아주파수가 그 원자의 화학결합상태 등에 의해서 미세하게 변화하는 것(화학 쉬프트)이 발견되었다. 이것에 의해 핵자기공명을 물질의 분석, 동정의 수단으로서 사용하는 것이 고안되었다. 핵자기공명에 의한 spectre를 얻는 분광법을 핵자기공명 분광법 (Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy)라고 부른다. 핵자기공명 분광법도 간단히 NMR로 약칭한다.

핵자기공명에 있어서 공명완화시간은 그 원자핵이 속하는 분자의 운동 상태를 반영한다. 생체를 구성하고 있는 주요 분자는 물이지만, 물분자의 운동은 그 물분자가 체액중인 것인지 장기안인 것인지에 의해 다르다. 따라서 이것을 이용해 체내의 장기의 형상을 아는 것이 가능하다. 이것을 컴퓨터 단층 촬영법에 응용한 방법이 핵자기공명화상법 (MRI)이다.

원자의 구성: 전자 + 핵 (핵은 양성자와 중성자로 구성),
cf) 원자번호 = 전자수 = 양성자수
질량수 = 중성자수 + 양성자수
동위원소 = 원자번호(=양성자수=전자수)는 같으나 중성자수가 달라서 질량수가 다른 두 원소

자기쌍극자 [磁氣雙極子, magnetic dipole]: 크기가 미세하여 원자구성입자 정도의 크기를 갖는 소형의 자석.

자기쌍극자모멘트 (magnetic moment or magnetic dipole moment ) : 자기쌍극자의 세기는 자기쌍극자 모멘트로 주어지는데, 이것은 어떤 자기장이 주어졌을 때 나란하게 정렬하는 능력을 나타낸다.

2007년 6월 13일 수요일

Journal impact factor에 대한 (어느 교수님의) 생각

지난 번 포스트 과학 저널도 문어발 확장 시대? Nature vs PLoS 를 쓰고 났더니 저널 임팩트 팩터를 검색하다가 이 블로그에 오시는 분들이 여러분 계시더군요. 그래서 그 검색어를 따라갔다가 KAIST 이상엽 교수님께서 BRIC과 인터뷰하신 내용을 보게 되었는데 임팩트 팩터에 해당하는 내용만 조금 소개하려고 합니다.

Impact factor에 대한 생각

아시아의 과학기술이 너무나 서구 기술에 의해 좌지우지 되는데 대표적인 예가 impact factor이다. 나도 ISI(Institute for Scientific Information)사로부터 "Citation Classic Award"를 받은 사람이기 때문에 이 부분에 있어서는 자신 있게 얘기 할 수 있다. 전 세계가 ISI사하고 일부 과학자들의 정치적 게임에 놀아나고 있다고 본다. 좋은 논문이란 우선 자기가 쓰고 만족하는 논문이고 남들이 읽어보고 좋은 논문이라고 인증하는 논문이다. 인증을 받았다는 것은 Nature에 발표했다고 되는 것이 아니라, 그 분야를 전문으로 다루는 저명한 국제학회에서 keynote speaker나 invited speaker로 초청되었는지를 보면 알 수 있다. 그런 학회는 300여명의 청중을 모아놓고 발표를 하는 곳이므로 아무나 초청하지 않는다. 그 분야에서 가장 최신이면서 관심을 받는 내용이어야 가능하기 때문이다.

Impact factor가 높은 저널이 일반적으로 좋은 저널이라는 것은 나도 동의하지만 impact factor가 전부인 것처럼 얘기하는 것은 잘못되었다고 본다. 생물공학분야에서는 biotechnology & bioengineering지가 가장 좋은 저널이다. 그러나 impact factor는 2점을 조금 넘는다. Reject ratio가 지금은 70% 정도인데 예전에는 85%를 넘는 적이 있었다. 어떤 저널은 reject ratio가 90%가 넘는다고 하지만 impact factor가 20, 30점 되는 저널과 비슷한 수준으로 선별된 논문이 게재가 되는 것이다. 정통 화학공학에서는 논문을 내는 사람수가 적게 때문에 impact factor가 1점 넘으면 엄청 좋은 저널이다. 생물처럼 연구하는 사람이 많으면 저널이 많고 논문도 많아 서로 교차인용을 해서 impact factor가 자연적으로 올라가는 것이다. 정부 관리나 신문 기자들은 자기 분야가 아니므로 잘 몰라서 impact factor만을 기준으로 얘기를 하지만, BRIC에서 이런 문제를 제대로 잡아주면 좋을 것 같다.

"한국을 빛내는 사람들" 서비스도 지금 좋기는 하지만 객관적으로 좋은 논문을 소개할 수 있도록 개편하는 방안을 고려해 보길 바란다. 우리가 지난 2003년에 "Combined transcriptome and proteome analysis of Escherichia coli during the high cell density culture" Biotechnol. Bioeng., 81(7) : 753-767 (2003)이란 논문을 발표하였다. 아직 공식 발표된 것은 아니지만 biotechnology & bioengineering의 associator가 자체 회의에서 이 논문이 2003년도 최우수 논문으로 추천 될 것 같다고 얘기를 해왔다. 처음에 이 논문을 nature지에 보냈다가 너무 응용성이 강하다는 이유로 reject되었다. 그래서 biotechnology & bioengineering에 발표되었다. 데이터 그림이 너무 작아서 표지화면에 실릴 수 없는 것을 editor도 가장 아쉬워한 부분이다. 이런 논문은 내가 발표하고도 아주 자랑스고 어디에 내놓아도 자신 있는 논문이다. 바로 그런 것이 중요한 게 아닌가 생각한다.

물론 한국 사회가 점점 투명해져가면서 객관적인 평가의 기준이 필요하고 거기에 그나마 잘 맞는 평가 지표의 하나가 impact factor라는 것에는 동의를 하지만 요즘처럼 식품을 하는 사람도 CNS에 논문을 내야한다는 이야기가 나오는 것은 좀 문제라고 봅니다. 사실 이미 CNS라는 용어자체가 임팩트 팩터가 높은 세개의 저널을 뜻하는 것이니까 그 패러다임 안에서의 이야기지만 말입니다.

그래도! 논문 실적을 보고할 때 자기가 투고한 논문의 impact factor를 적어내라는 요구가 많기 때문에 그것을 찾아봐야합니다. 그게 궁금한 분들은 아래의 사이트를 참고하세요. 아마 subscription한 기관이나 학교가 아니고서는 안보일 것입니다만...

http://portal.isiknowledge.com/

곧 2006년도 임팩트 팩터가 나올 때가 되었습니다...^^

2007년 6월 12일 화요일

중천

중천을 봤다. 내가 가장 아끼는 후배들, 하나도 아닌 둘과, 관련된 영화고, 영화의 시작 전부터 화제의 중심에 섰었지만 결국 참담한(?) 실패로 끝났던 영화, 중천.

솔직히 말하자면 영화는, “생각보다” 괜찮았다. 여기서 “생각보다”라는 것은, 내가 외국에 있기 때문에 영화보다는 영화평을 먼저보는 관계로 혹평을 받은 경우는 기대 수준을 낮춰잡기 때문이다. 대게 관객평이 좋은 경우의 기대수준이 제일 높고, 평론가 평이 좋은 경우는 중간, 둘 다의 평이 안좋으면 당연히 기대수준이 제일 낮은데, 중천의 경우는 마지막에 해당되었다.

(마음 속으로 비교하기로 마음먹은 영화는 <비천무>. 그러고 보니 비천무도 내 동창의 오빠가 만든 영화였는데, 여러가지로 비슷한 면이 있다. 무협활극에, 비주얼에서 호평받고 스토리로 욕먹고, 김희선 vs 김태희 등등… 내가 보기엔 중천의 경우는 비천무보다는 낫지 싶다. 단지 기술적인 진보만을 이야기하는 것은 아니고.)

(중천 덕에 다시금 주목받은 비천무, 사실 나는 비천무도 그리 나쁘진 않았다.)

중천을 한마디로 평하자면, “어정쩡하다”고 하겠다. 중천은 정말 어정쩡했다.

중천에 대한 가장 많은 비난이 스토리인데, 한 두 페이지짜리 시놉시스만 놓고 보자면 그렇게 나쁜 시나리오는 아니라는 생각이다. 일단 이해하기 쉽다. 이해하기 쉬운 것은 중요하다. 이런 판타지물 중에는 스토리를 따라가지 못해서 문제가 되는 경우가 많기 때문이다. (만화로 비천무를 보지 못했던 나는 지금도 그 이야기가 뭘 하자는 것인지 기억을 못한다.) 하지만 여기서 이해하기 쉽다는 이야기는 중천의 대강의 줄거리일 뿐이다. 한 여인을 사랑하는 남자가 중천에서 여인과 옛동료들 사이에서 싸운다는…

문제는 이걸 두 시간 (실제 러닝타임은 100분 조금 넘는 정도?) 동안 밀도있게 이야기하기인데, 그러러면 줄거리만 가지고는 안된다. 디테일이 부족했다고 이야기하는 사람들이 있는데 디테일보다는 짜임새가 없었다.

게다가 가장 어정쩡했던 것은 정통사극으로 갈 것인지, 아니면 형사나 다모같은 퓨전사극(?)으로 갈 것인지 확실하지 못했다는 점이다. 사실 이 지점이 제일 아쉬웠는데 배우들의 연기력이 떨어진다, 대사가 나쁘다, 이야기의 디테일이 없다고 하는 비판들이 이것과 맞물려 있는 것이 아닌가 싶다. 중천의 스토리는 누가 봐도 전형적이다. 내 생각에는 너무나 전형적인 스토리를 줄거리로 잡았다면 당연히 정통 사극, 차라리 신파라고 하더라고 그쪽으로 갔었어야하지 않나 싶다. 대부분 중천에서 “깨는 장면”들은 정통과 퓨전 사이에서 오락가락하는 부분이 아니었나 싶다.

그리고 마지막으로 하나 만 더 언급하자면, 조금 심하게 말해서 우리나라에서 판타지는 어렵다. 언젠가 여기에 대한 글을 쓴 적이 있는데 우리나라 역대 흥행 10위와 미국 역대 흥행 10위를 비교해보면 너무나 다르다. 우리나라에서 성공한(?) 영화들은 대부분 리얼리즘적인 (그것도 근대나 현대 배경의) 영화다. (거의 유일한 예외에 가까운 <괴물>에 박수 한 번 짝짝!) 그에 비해 헐리욷의 흥행 영화들은 소위 공상과학 판타지물들이 대부분이다. 조악하게 요약하면 헐리욷은 창의적이고 충무로는 현실비판적이다.

이건 경제적인 부분에서도 비슷한데 미국이 창의성으로 무장한 신기술, 신개념으로 시장을 창출해나간다면, 한국은 기존의 기술(현실)을 잘 버무려서 시장을 잠식하는 방식이다. 이런 의미에서 중천은 우리가 못하던 것, 도전하지 못하던 것에 대한 유의미한 시도였지만 그 실패의 여파가 오히려 앞으로 더 그런 도전을 어렵게 만드는 것은 아닐까 걱정도 된다. (여기에 D-War까지 망한다면??? 심형래 화이팅!)

중천의 비주얼에 대해서는 연기나면서 사람나오는 장면 빼고는 정말 대단한 발전이다. 게다가 우리의 기술이라고 하니 뭐 여기에 대해서는 많은 사람들이 찬사를 보내고있고 엊그제 대종상도 받고 했으니 더 이상 이야기할 필요는 없을 것 같다. (나름 당시 최고 흥행작이던 은행나무침대와 기술적인 진보를 비교해보면 어떨까?)

(이런 장면 좋던데...)

난 김태희를 작년 여름에 열흘 동안 고국방문했을 때 본 휘발류 선전말고는 본 적이 없어서 김태희의 연기가 어떤지는 잘 모르겠다. 사람마다 자기의 연기 스타일이 있으니까. 하지만 분명한 것은 캐릭터가 아주 모호했다는 것 (듀나는 코믹하게 가려고 했을 것이라고 했던데). 그리고 입을 너무 많이 벌리고 있다는 것.

(태희씨, 입 연기만 조금 더 보완하시길!!!)

차라리 절절한 순애보에 집중하고 수애를 캐스팅했으면 어땠을까...

(드라마를 안보기 때문에 해신은 못봤지만 이런 스토리엔 왠지 수애씨가 어울릴 것 같은데...)

2007년 6월 9일 토요일

분자생물학관련 단백질, DNA 농도 변환 프로그램

분자생물학과 관련된 프로그램 중에 아래의 사이트에 소개된 프로그램은 여러가지로 유용합니다.

1. Conversion: weight - moles (for proteins).
분자량을 알고 있는 단백질의 농도를 측정한 다음 그 무게와 농도를 변환해 주는 프로그램입니다.

2. Conversion: weight - moles (for nucleic acids).
DNA, RNA 등 핵산의 길이와 농도를 변환해주는 프로그램입니다.

3. Conversion: DNA - protein.
유전자의 길이와 단백질의 분자량을 추정해주는 프로그램입니다. 사실 이건 간단한 계산이죠.^^

4. Conversion: molar quantity - molar concentration.
몰 농도와 몰랄농도의 변환 프로그램입니다.

그런데 더 좋은 것은 위의 프로그램을 다운받아서 자기 컴에서 사용할 수 있다는 것입니다. 무슨 인스톨도 필요없습니다. 그냥 압출화일 받아서 풀어놓고 index.html 실행하면 끝이에요. 한 번 해보시기 바랍니다.

English version only ( Zip file, size - 1Mb).

과학 저널도 문어발 확장 시대? Nature vs PLoS

아시는 분은 아시는 대로 과학저널의 양대산맥은 네이처와 사이언스입니다. 거기다가 Cell을 끼워넣어서 CNS라던가 NCS라고 하는 것은 약간 넌센스죠. 셀은 특정 분야의 저널이니까요.

아무튼 최근에 네이처가 심하다 싶을 정도로 문어발 확장을 하고 있습니다. 각종 자매지를 만들고 있는데요, 무려 그 숫자가 몇개인지 아십니까? 맞춰보세요...

more..

아래는 그 네이처의 자매지들입니다. 재미있는 것은 Nature보다 Nature 리뷰 시리즈가 더 impact factor가 높은 현상을 보여주고 있다는 겁니다. 물론 리뷰 논문은 언제나 피인용되기 싶지요. 그래서 impact factor가 높을 수 밖에 없습니다.

네이처의 자매지들...

more..

(여담이지만 저도 덕분에 위 저널 중 하나에 논문을 서브미션까지 해보는 행운(?)을 누리기도 했습니다. 결과는 여지없는 reject!!! 였습니다만...^^)

그런데 이런 과학저널을 구독하는데는 막대한 돈이 필요합니다. 게다가 저널의 숫자도 너무 많구요. 개인이 구독하는 것은 거의 불가능하고 보통은 학교에서 단체로 저널을 구입하기 때문에 실제로 느끼지 못하지만 작은 벤처기업 같은 곳에서 이런 저널들을 구독하기는 불가능이라고 봐야죠. 아마 큰 기업도 마찬가지일 겁니다.

이런 저널 출판사들의 상업주의 및 지식독점에 반발하는 과학자 및 의사(physicians)들에 의해 만들어진 비영리 단체가 PLoS (The Public Library of Science)입니다. (국내 어떤 사이트에는 과학자와 물리학자에 의해 만들어졌다고 되었는데 physicians은 물리학자가 아니라 의사입니다. 물리학자는 physicist이고 과학자에 포함되죠...^^)

처음 시작은 1989년 노벨생리의학상 수상자인 Harold E. Varmus와 스탠포드 교수인 Patrick O. Brown, UC버클리 교수 Michael B. Eisen 등이 과학자들에게 이런 취지의 편지를 보내는 것으로 시작했는데 180개국 3만4천명의 과학자들이 서명을 했다고 합니다. 그래서 나온 첫번째 저널이 바로 2003년 10월에 첫 출간된 PLoS Biology 였습니다. 2005년 impact factor가 14.672 이므로 상당히 성공적이라고 할 수 있겠지요.

그럼 현재까지 PLoS에서 나온 저널은 몇개일까요? 현재까지 창간되거나 준비중인 저널은 아래의 7개입니다. 왠지 네이처의 아성에 도전하는 듯한 인상을 받는 것은 저만의 느낌일까요?

PLoS Biology
PLoS Medicine
PLoS Computational Biology
PLoS Genetics
PLoS Pathogens
PLoS ONE
PLoS Neglected Tropical Diseases (2007년 창간 예정)

PLoS에서 나오는 저널들은 모두 무료이지만 논문을 싣기 위해서는 돈을 내야합니다. 그리고 출처를 인용하기만 하면 download, reuse, reprint, modify, distribute, and/or copy 등등이 가능합니다. 책 쓸 때 여기의 그림들을 주로 인용해야 겠습니다. ^^

PS. 그러고보니 사이언스의 행보가 궁금해지기도 하는군요.

2007년 6월 7일 목요일

당생물학에서 사용하는 심볼들 from Biomedical Glycomics

아래의 내용은 저희 연구소의 Kelly Moreman 교수 연구실에서 운영하는 Biomedical Glycomics 사이트에 나와있는 당쇄 표기법에 대한 pdf 자료를 인용한 내용입니다. 원문을 보실 분은 옆의 링크를 눌러주세요.

3개의 당으로 천개가 넘는 이성질체를 만들 수 있을 정도로 당쇄의 구조는 복잡합니다. 때문에 당쇄의 연결을 표시하는 방법을 통일해야 할 필요성이 있습니다. 아마 당생물학이나 glycoscience관련된 논문을 보다 보면 아래와 같은 당쇄 표기들이 많이 나올 겁니다.

보통 당 (sugar)들의 화학적 연결을 나타내는 표기법인데 위의 linear한 표기를 사용하기도 하고 아래의 2차원적인 표기를 사용하기도 하지요. 하지만 당쇄가 열개가 넘어 수십개에 이르는 경우는 그것을 일일히 적기가 상당히 곤란하기 때문에 아래와 같은 심볼을 이용하게 됩니다.

윗 그림의 네모, 세모, 동그라미들은 다 각각의 당을 나타내는데요. 이런 심볼을 사용하면 쉽게 그 구성을 알 수 있습니다. 이러한 심볼을 이용한 표현은 다음의 룰을 따라 만들어졌습니다.

- 하나의 당 타입 (분자량이 같은 당들)은 하나의 심볼로 표시한다.
- 하나의 당 타입의 이성질체는 색/흑백/명암 으로 구분한다.
- 가능한 한 유도체 (hexosamine과 N-acetylhexosamine)들은 같은 색깔로 표시한다.
- 하나의 당을 나타내는 같은 모양을 세로와 가로로 사용해도 혼동하지 않게끔 표시한다.

그래서 각각의 당을 나타내는 컬러와 흑백의 심볼은 대략 다음과 같습니다.

1) 컬러

2) 흑백

하지만 이런 표기법의 문제는 이 결합이 alpha 결합인지 beta 결합인지, 1-6 결합인지 1-3 결합인지 등등 결합방식을 알기가 어렵다는데 있습니다. 그래도 일단 맨위의 경우처럼 줄줄이 써 놓는 것보다는 훨씬 눈에 잘 들어오죠.

아마 가장 많이 나오는 당쇄인 GlcNAc (파란색 또는 검정색 네모), mannose (노란색, 또는 회색 네모), NeuAc (보라색 또는 회색 다이아몬드) 정도는 외워두는 편이 좋습니다.

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